康熙二十一年（1682年），福建总督姚启盛再次遣使赴台和谈，这一次郑经（郑成功之子）着实感到了来自清朝的压力。
确实，区区一岛是无法抵挡倾大陆之力的进攻的，郑经决定奉大清为正朔，接受大清的爵位，但他仍然拒绝剃发和更改服饰。
消息传到京城，康熙深为震怒，在他看来，只有剃发易服，才标志着台湾真正臣属于清朝，否则它就真的和朝鲜、安南等属国毫无二致，这是一心一统中华的康熙绝对不能接受的。于是，第三次和谈再次破裂，至此康熙已经下定决心，要武力收复台湾。

连番几次的和谈失败让康熙意识到，光有文事不足以让郑经屈服，还需要拥有强有力的武备。因此康熙开始大规模兴建水帅，建造规模和强度都足以进行渡海作战的大型战船。而当时清廷，这方面的人才却极其稀少。幸亏施琅的存在，清廷才有可能建设一支强大的水师。
施琅曾经是郑成功的得力助手，但由于性格上的冲突，二人嫌隙浙生。施琅由于屡次得罪郑成功，不得已从厦门逃到南安，希望求助郑成功的二叔郑芝豹为二人化解纠纷。郑成功却以为施琅是负罪逃窜，因此便派人去追杀。可谁知杀手未能成功刺杀施琅，又担心回去无法向郑成功交差，便谎报军情，说施琅已和清军勾结，因而无法下手。郑成功听闻此言大怒，竟然没有详加调查，就武断地认为施琅已经谋反！便下令将施琅的兄弟和父亲杀害。施琅得知噩耗对郑成功切齿痛恨，遂投降了清朝。
施琅降清之后，被任命为福建水师提督，又被封为靖海将军。
施琅一心想早日攻克台湾，为父兄报仇。从康熙初年起，他就不断上秦，请求武力解决台湾问题。但当时朝廷正集中力量解决“三藩之乱”，并没有余力顾及台湾。
直到康熙二十年（1681年）,“三藩之乱”最终平定，而郑经也恰巧于这一年去世，其子为争夺王位展开了血腥的斗争，台湾政局动荡不已。
虽然最终由郑克塽继任（郑成功之孙），但已是元气大伤。施琅此时虽然已经从水师提督任上被撤职，但却再次上疏，强烈要求“乘其（指台湾郑氏政权）民心未固、军情尚虚”时“进攻澎湖，直捣台湾”。
施琅的奏折，和朝中一些官员的大力推荐密不可分。
先是福建总督姚启圣向康熙力荐“才略优长，谙练军事”的施琅；后来康熙的宠臣、大学士李光地在康熙向其征求对福建水师提督人选的建议时，又两次推荐施琅。他认为施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”，而且“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”。
有这两位重臣的推举，康熙又亲自接见了施琅，听取了他对平台方略的看法和意见。施琅侃侃而谈，康熙深为满意，当即同意了施琅的计划，并重新授予施琅福建水师提督之职，加太子少保。赴福建操练水师，伺机进攻。
经过两年的训练，大清水师已初具规模。康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅亲率500余艘大小战船，共2万余名水兵，乘北风劲吹之际，从东山岛出发，进逼台湾门户澎湖列岛。郑氏王朝惊闻这一消息，连忙派出舰队迎敌，但却不是训练有素的施琅的对手。澎湖一役，施琅大获全胜，夺取澎湖列岛。此时台湾岛已是门户大开，彻底暴露在清军的战力之下。
施琅深谙康熙“以战逼和”的策略，因此他攻下澎湖后并不急于进攻，而是一方面安抚澎湖百姓，另一方面又向郑氏王朝递出了和谈的橄榄枝。郑克塽年纪尚小，国事暂由大将刘国轩掌握，自知大势已去的刘国轩见施琅如此，自然也乐得答应。于是郑克塽遺使送降表至施琅军前，郑氏王朝宣告灭亡。台湾也被并在了大清的版图之中。