1942年2月15日晚上7时50分，新加坡英军司令阿瑟·珀西瓦尔中将（白思华）在停战协定上签字，向日军投降，新加坡沦陷。2月16日，东京宣布新加坡改称“昭南島”，意为“昭和天皇的南方之岛”、“光照大东亚共荣圈的南方”。

马来战役的日军司令山下奉文中将此前曾在中国华北指挥作战，他本人和他指挥的部队向来对中国人怀有敌意。而在占领新加坡后，日军出于对共产党和华人几乎变态的恐惧与仇恨，对新加坡八十万华侨和华人开始了极近疯狂的“肃清”（Sook Ching）大屠杀。

所谓“肃清”就是清除华人中的亲华、亲英、亲共和义勇军分子。山下奉文及其幕僚在占领当天就向全岛日军下达了“肃清令”，要求在三日内肃清华侨中的五种人：共产党；抗日分子；义勇军及其他脱下制服的军事人员；仍持有武器或继续抗日者；威胁公共安全者。

在“肃清令”下达之前，一份由新加坡当地日本侨民和英国警察收录的共产党名册已经落入山下手中。肃清行动开始后，星华义勇军和马来亚共产党成员首当其冲，数千名义勇军战士和共产党员被捕杀害，其中就包括星华义勇军武装部主任林江石。林被捕后被各种酷刑折磨了40多天，斩去双手、挖掉双眼，最后被扔到牢房角落里呻吟了三天三夜才死去。大部分马共成员和星华义勇军只得转移到山区和林地，以“人民抗日军”名义继续抵抗至1945年。

“肃清”了第一批共产党员和抗日分子之后，日军宪兵队立刻在各华人居住区设立“检证中心”，对所有华人进行身份鉴别。这就是骇人听闻的“昭南大检证”，目的就是从80万新加坡华人中检证出“海南人”（日军对共产主义者的称呼）、抗战爆发后来到新马的华人新移民，以及被怀疑“对英国有好感”的公务员、太平绅士、立法会成员等。

2月19日，“昭南大检证”在大坡区、小坡区、芽龙区、升旗区、竹脚区和后港区的主要华人聚集点同时展开，日军将每个区的华人男女老幼驱赶到检证地点接受检证。检证通常持续一到两天，接受检证的华侨大多不得吃喝，在街道和操场上被烈日曝晒，所有华人都不允许上厕所，只能半蹲着就地大小便。

随着“检证”规模一再扩大，日军根本没有那么多时间和人力来甄别所有的华人社区，“检证”最终演变成了具有民族清洗性质的大屠杀。被“检证”出的商店老板、银行职员、英语教师、文艺工作者，甚至纹身者、穿黄色制服者以及身强力壮的青年大多被拘留，并用卡车拉走。拘留的理由非常简单——有钱人和知识分子“必然”出钱抗日，懂英语者“必然”亲英，纹身者“必然”是华人帮派组织，穿蓝色制服者以及身强力壮的青年“必然”是抗日义勇军。最荒谬的是，有好几百名为了逃避日军奸淫而剪短头发的华人妇女也被“检证”并带走，因为在日本人看来，剪短发的妇女“或许在武吉知马对抗过日军”。

“肃清”涉及到新加坡的每家每户华人，时年19岁的李光耀也没能幸免。他在1963年回忆道：“1942年2月，我在惹兰勿杀（竹脚区的华侨的检证地）的检证集中营排队等候出去，守门的日本兵看了一下我的体格，就命令我上罗匣车（卡车），意思好像是要载我们去日本做工，但我自己觉得那辆罗匣车不像载人去工作的。于是我请求他们让我回我附近园丁的房间拿我的行李。我的园丁是在卫律租一个房间住，在检证期间，我就寄住在他的房间。我一回去，就不再出来，直到他们换了守门兵、换了检查员，我才静静溜出来。那一次，我可以说是死里逃生，那些被送去的就一去不回头。”

对那些被检证出来的人，日军采用的常见手段是将其带到偏僻地方，集体枪杀。英军战俘史密斯少校战后在远东国际军事法庭上作证称：“记得（1942年）2月17日或18日，我看见远处有1200至2000名左右的华人被日军用卡车拉到要塞前面的海滩上。华人下车后，日本兵把他们三三五五的用绳索捆在一起，然后推入海中。等那些落海的人从水中浮起来的时候，日本兵就用机枪扫射。眨眼工夫，那一两千人全被打死在海里，海水都被染红了，许多尸体漂上海岸，臭气熏天。日本士兵就强迫我们去掩埋尸体。我记得一共掩埋了118具尸体。死的全是华人。”据战后统计，像这样的掩埋地点共有35处之多。更多屠杀则是在偏僻的海滩进行，尸体直接扔进海里，一点痕迹都不剩。

最可怕的是，在1942年到1945年的三年里，这种“检证”是不定期随时随地进行的，假如你是个生活在新加坡的华人，当你走在马路上，一辆日军卡车突然在你附近停下来，很可能这就意味着你生命的完结。

据历史学家调查，1942-1945年新加坡“肃清”屠杀的死难人数在5万到10万之间。二战结束后，东南亚第七战区法庭对参与“昭南检证大屠杀”的7名主要日本战犯进行了审判，这7人分别是：近卫师团长西村琢磨中将，新加坡警备司令官河村参郎中将，新加坡宪兵司令大石正行中佐，宪兵中队长横田吉隆中佐，宪兵中队长城朝龙少佐，宪兵分队长大西觉少佐和久松治大尉。河村参郎、大石正行两人被判处绞刑，其余五人被判处无期徒刑。而以总司令身份批准检证屠杀的“马来之虎”山下奉文，也因在菲律宾以及马来战场犯下的虐俘、屠杀罪行，于1946年2月23日在马尼拉被绞死。

1946年6月，由新加坡中华总商会带头成立的“新加坡华侨集体鸣冤委员会”和“新加坡华人筹赈难民委员会”开始对新加坡屠杀死难者遗骸的调查和探寻，委员会在东海岸路、石沙、南洋女中校、万国院胶林发掘出一批又一批被屠杀的华人遗骨。由于遗骨大多已经残破、难以区分，因此挖掘出土后全部洗净，装入金坛密封。至1963年12月，委员会先后挖掘了27处弃尸地或掩埋坑，起出遗骨155坛；至1966年10月又挖掘12处，起出遗骨452坛。在惹兰培本埋尸处，因当地土壤含沙较多、骨骼保存较完整，新加坡卫生部视察员进行了点验，最后清理出的骸骨多达2176具。

1966年6月15日，新加坡开始修建“日本占领时期死难人民纪念碑”，用于安葬“肃清”或者说“昭南大检证”遇难者的遗骸骨坛。纪念碑位于莱佛士酒店以南的尼古拉斯路草坪，高120米，由四根漆成白色、直立向天的白色水泥柱组成，柱子中心部位砌有一人高的大理石台，其上置有青铜骨灰坛，内盛遇害者遗骨。1967年纪念碑竣工，李光耀亲自主持了安葬仪式，并发表宣言哀悼死难同胞。