对于肠道菌来说，它们对于健康的重要性是毋庸置疑的，问题在于我们对它们了解得还很不够，除了很少的几种情况之外，益生菌的各种声称的益处并无根据。肠道菌是作为一个复杂的菌群存在的，各种细菌之间存在着相互影响，它们会相互移植或者相互扶持，不能随便拿出一个菌株来单独分析。

一项研究是噬菌体和肠道菌方面的，噬菌体是可以杀死细菌的病毒，因为噬菌体能够杀死某一株细菌，在抗生素问世之前，科学家曾经用噬菌体来对抗细菌感染。抗生素问世后，因为抗生素既便宜又容易生产，噬菌体就退休了。

在抗生素耐药日益严重的今天，噬菌体又有了价值了。科学家用无菌小鼠为试验模型，移植了10种人体常见的肠道菌，包括粪肠球菌和大肠杆菌，然后加入专门杀死某种细菌的噬菌体，结果发现，虽然一种噬菌体只能杀死一株细菌，但对其他株细菌也会产生影响，有的细菌株繁殖更好，有的细菌株数量减少。科学家观察到加入噬菌体后，小鼠代谢产物和细菌代谢产物会发生变化，一些特点化学物的水平也发生变化，因此噬菌体不仅能杀死单一菌株，而且还能改变整体代谢。

这个研究使得噬菌体的重新临床应用有了可能，同时也揭示了肠道菌的复杂性，各种肠道菌存在着相互影响，改变其中之一有可能影响其他，所以才要进一步对肠道菌进行深入了解。在目前这个阶段，益生菌产品都是不靠谱的，益生菌疗法也是不靠谱的，而且可能有负面影响。