蔡元培先生在《石头记索隐》中提出了一个非常著名的论断，概括了他对《红楼梦》主旨的理解：“作者持民族主义甚挚，书中本事在吊明之亡，揭清之失，而尤于汉族名士仕清者，寓痛惜之意。”他认为作者具有强烈的反清排满思想，借小说来哀悼明朝的灭亡，揭露清朝统治的过失。

后来他的观点被他亲手提拔的晚辈胡适推翻了，胡适是蔡元培的后辈（小蔡元培25岁），当年能受聘为北京大学教授，很大程度上得益于蔡元培的破格录用和大力提携。

为了推翻蔡元培“《红楼梦》是政治小说”的观点，胡适试图寻找关于曹雪芹身世的第一手史料，特别是敦诚的诗集《四松堂集》。这本书是证明《红楼梦》为曹雪芹“自叙传”的关键证据。

非常具有讽刺意味的是，胡适四处寻找《四松堂集》而不得，心灰意冷之际，蔡元培却并没有因为被后辈批评而恼怒，反而利用自己的人脉，托朋友帮胡适借到了这本书。

胡适利用这本书中的史料，结合其他考证，提出了“自传说”。他证明了《红楼梦》是曹雪芹根据自家兴衰创作的自传体小说，而非蔡元培所说的“影射清朝政治”的小说。

胡适的观点逐渐占据了上风，确立了“新红学”的统治地位。蔡元培的索隐派观点在主流学术界逐渐被边缘化。

虽然学术观点对立，但蔡元培先生主动帮胡适寻找驳倒自己的证据（《四松堂集》）这一举动，被后人传为佳话，展现了他“容纳异己的雅量”。

而他们二人的研究仅仅是针对《红楼梦》而已。纯学术探讨。甚至是纯各自的不同角度去看一本书而已。不会互相攻击。也不至于互相谩骂。

他们估计也不会想到，后来研究《红楼梦》的还有团结派，会有人拿起团结的大棒来打击异己，不同观点就要被视为破坏民族团结，跟日本人勾结，扣上皇汉和汉奸的大帽子……