Nature Microbiology发表了一篇来自Ragon研究所Kwon等人文章，报道了依非韦伦等NNRTI的一项可造成肠道微生物组损伤。

尽管抗病毒疗法（ART）能有效抑制病毒，但HIV感染仍与持续的免疫激活以及非传染性合并症（包括心血管疾病）风险升高相关。肠道微生物群失调被认为是HIV感染者全身性炎症的关键驱动因素。然而，既往研究存在地域偏见、过度依赖16S测序技术，且未能完全区分HIV感染本身与ART对微生物群的不同影响。本研究旨在阐明在全球不同人群中，HIV感染和ART如何独立且交互地塑造肠道微生物群的结构与功能。

研究者对来自三个代表不同生态背景队列（乌干达农村、博茨瓦纳城郊和美国城市）的587名参与者的样本进行了宏基因组测序。研究对象包括接受ART的HIV感染者、未接受稳定ART的HIV感染者、精英控制者（EC）以及HIV阴性对照者。研究将分类学、功能和蛋白质家族水平分析与临床元数据、免疫参数（CD4计数、可溶性CD14）、心血管标志物（颈动脉内膜中层厚度）以及ART方案进行了整合。此外，还运用计算对接、噬菌体组分析和体外实验来探究ART导致微生物群破坏的潜在机制。

研究结果显示，HIV感染与肠道菌群组成中主要与特定地域相关的分类学变化有关，而功能通路改变在不同队列中却表现出显著的一致性。这些共有的功能特征包括：碳水化合物代谢、孢子形成和运动通路减少，同时毒力相关的转运系统富集。微生物群的扰动与当前和最低点CD4 T细胞淋巴细胞减少症强烈相关，表明免疫损伤（而非社会经济或饮食因素）是其主要驱动因素。

EC表现出独特的微生物群特征，其富集的分类群和功能在典型的HIV感染中会减少，这提示存在一种潜在的保护性宿主-微生物群构型。ART暴露会独立改变微生物群结构，其中依非韦伦在撒哈拉以南非洲队列中是导致菌群失调的主要驱动因素。在乌干达参与者中，使用依非韦伦与普雷沃菌属物种的减少、微生物代谢网络的破坏、全身性炎症加剧以及亚临床动脉粥样硬化增加相关。在机制上，研究证明依非韦伦能交叉抑制参与抗噬菌体防御的细菌逆转录酶，特别是在非西方普雷沃菌菌株中。这种抑制作用促进了噬菌体复制，导致了降解纤维的细菌选择性丧失和生态系统失稳，从而为ART、微生物群破坏和宿主炎症之间提供了一种合理的因果联系。

本研究表明，尽管与HIV相关的微生物群分类学变化具有情境依赖性，但功能性失调在不同人群中却是一致的，并且与免疫缺陷紧密相关。重要的是，ART，特别是依非韦伦，可以通过作用于非预期的微生物靶点，造成特定地域的微生物群损伤，并导致可测量的炎症和心血管后果。