1380 年，朱元璋灭了胡惟庸九族，冤杀上万人。马皇后心痛不已，故意问：“陛下，如今天下可太平？” 朱元璋顿时火冒三丈：“天下大事，妇道人家插什么嘴！”
马皇后并未退下，她看着朱元璋眼底那熟悉的狠劲，一言不发，只让人给冤死者家属送去布匹和药材。朱元璋看着她的背影哼了一声，接着下令：“胡惟庸通敌谋反，同党一个不留。”
李善长听闻胡案扩大，脸色大变，闭门不出。他是跟着朱元璋打天下的韩国公，本以为凭几十年功劳能得善终。可他清楚，胡惟庸是他引荐的，两人私交甚好，皇帝迟早会清算。他弟弟李存义却不信，低声劝道：“咱家功勋卓著，不会有事。” 李善长只是摇头，望着窗外，不再言语。
1390 年七月，李善长收到圣旨，说他与胡惟庸有往来却知情不报，被赐死家中。那天雨急，锦衣卫包围宅子，他的儿孙、看门小厮都未能幸免。此案诛杀七十余人，南京街头无人敢议论。
两年后，蓝玉北征凯旋，所向披靡。他带兵万人，攻破元廷残部，战功赫赫。但朱元璋却感到不安，他记得蓝玉是自己外甥女婿，马皇后在世时就说此人骄傲，不好驾驭。
1393 年初，蓝玉突然被捕，锦衣卫深夜抓人，连带亲属与部下共一万五千人。有人反抗，当场被斩首。朱元璋命人编成蓝玉案昭告天下。几日后，南京闹市贴出榜文，百姓围观却不敢出声。
中书省自胡惟庸案后被废除，六部直接听命于皇帝。朱元璋每日批阅奏章，亲决军政。没了丞相，天下他一人说了算。朝中大臣都知道，写奏章用词得万分谨慎，一字之差可能就会招来灭门之祸。
1395 年冬，朱元璋翻出旧案，说宋濂当年为胡惟庸讲情，有袒护之嫌。宋濂早被贬，仍被提审。若马皇后还在，或许能说上几句，可如今无人敢言。朱元璋说：“谁护胡惟庸，就是他一党。”
马皇后死于 1382 年八月，卧病在床时不肯吃药。朱元璋守在床边几日，流泪也无济于事。她临终前说：“陛下可怜那些无辜。” 朱元璋握着她的手直到天亮，却没作声。
蓝玉死后，淮西旧部无一人存活。朝中换上新臣，个个谨慎沉默。南京城门前每日抬出尸首，百姓早已习以为常，只能悄悄叹息：“老天爷也怕这位皇上。”