温病的辨证，叶天士将其分为卫气营血四个类型。吴鞠通又划分为上、中、下三焦。一般在临床上多以卫气营血为辩证依据，三焦辩证只可作为参考。叶天士说：  “大凡看法，卫之后方言气，营之后方言血，在卫汗之可也，到气才可清气，入营犹可透热转气，入血就恐耗血动血，直须凉血散血。” 清·章虚谷注解说：“凡温病初感发热而微恶寒者，即在卫分； 不恶寒而恶热，小便色黄，已入气分矣；若脉数，舌绛，邪入营分；若舌深绛，烦扰不寐，或夜有谵语，已入血分矣。”章氏对卫气营血的注解，颇为简要易辨。卫气营血辨证，与伤寒论之六经辨证意义相同，皆是说明病邪的轻重浅深，便于治疗，并非病邪真正入卫入气入营入血。在临床上二者亦可相互运用。至于三焦辨证，吴鞠通根据三焦的部位，划分为三种类型。他认为温邪由口鼻传入，由上向下传。他说 :“伤寒论六经，由表入里，由浅及深，须横看。本论论三焦，由上及下，亦由浅入深，须竖看。”上焦包括心肺二经，心肺在膈上，属上焦。温邪侵入，首先犯肺，与卫分的症状基本相同。顺传到中焦，逆传到心包。“肺主气属卫，心主血属营。” 邪入心包出现神昏，等于营分症状，故亦可归营分范围。中焦包括脾胃，脾胃虽同属中土，但胃为阳土主燥，脾为阴土主湿。邪入中焦，从燥化则现气分症状; 从湿化则出现身热不扬，胸脘痞闷，身重疲倦， 脉缓, 苔腻等湿温症状。因此中焦等于邪入气分。下焦包括肝肾。邪入下焦，耗伤肾阴，肾阴被耗，则虚火上炎，故面赤，身热，口燥、咽干，心烦不寐，脉虚数无力。肾阴虚则不能涵濡肝木，肝失荣养，则血不养筋，故手足蠕动瘛疭。由于温病伤阴，故出现以上开肾阴虚症状。先师孔伯华曾说:吴氏的三焦辨证，也是说明温病的轻重浅深，并非病邪果真据于上焦、中焦、下焦。观其《温病条辨》上焦所现之证，中焦亦有之，中焦所用之药，下焦亦有之，界限不清，此等处慎勿拘执。

邪入肝肾和邪入营血，虽同属病邪深入阴分，但症状不同，热入营血为实，热伤肝肾为虚。也就是前面所说的，阴虚内热易感温病，病温之后，更伤阴精。故治疗温病，要始终照顾到阴虚。尤其是温病末期，更以养阴为重。卫气营血与三焦辩证，既有相同之处，又不完全相同，然其病理是完全一致的。