霍梅尼一度指定他的学生、侯赛因·阿里·蒙塔泽里（Ayatollah Hossein Ali Montazeri） ​​​为继任的最高领袖。但1989年3月Montazeri被霍梅尼撤销接班人地位。
1989年6月霍梅尼死去，次日专家会议选举第三任总统哈梅内伊为新的最高领袖，虽然当时哈梅内伊还不是大阿亚图拉级别的宗教领袖（理论上哈梅内伊不具备伊朗最高领袖所需要的宗教神学的资质）。
1990年8月伊拉克侵略科威特，海湾危机期间石油价格暴涨，伊朗赚了一笔。