吴清源有个毛病，只有被他高看一眼的棋手，才会得到他的批评和指正。曾经的老聂以及他的爱徒林海峰，还有后来的芮乃伟，都曾经被吴清源严苛地批评过。反倒是芮乃伟的老公江铸久，吴老总是和风细雨赞许有加，基本上从来没有批评过。江铸久曾经说过，每当听到吴老夸奖的话语，他就知道自己的棋已经没有什么希望了。
吴清源对聂卫平的批评很直接，只要有他在现场，每次都是一下完就当面指出棋局中的问题，说某几手下得太差，哪一步失去先机。林海峰也多次被吴清源当众提醒过，有时候是在复盘时直接批，他说林海峰下棋太急，冒进直接。芮乃伟在一些国际比赛之后，也常听吴清源说她哪一步没想够，哪一步做了多余的交换，有一次还说她那盘棋从前半局就已经输了。
而江铸久的情况比较特殊，不管胜败，吴清源总是笑着说下得好，有意思，或者夸他思路不错。江铸久自己提过一次，有场比赛他失误很多，连自己都觉得不行，但吴清源还是夸他，说棋走得很有味道，这反而让他失落。后来他跟几个熟人说过，发现吴清源夸过的人里，几乎就没有在之后长过棋的，所以他才会说那句自己应该没希望了。