收复新疆后，清军深入哈萨克腹地追击阿睦尔撒纳。途中，5000 清军与数万哈萨克军交战，大败对方，哈萨克王西逃数百里。
阿睦尔撒纳是让乾隆恨之入骨的叛徒。1755 年，清军轻松拿下伊犁。阿睦尔撒纳觉得自己带路有功，想封 “准噶尔总汗”。但乾隆深知封他为总汗会养虎为患，便将准噶尔分成四个部分，封了四个汗，阿睦尔撒纳只得了双亲王。他大为不满，觉得自己卖命带路却遭轻待。
清军主力撤回内地，仅留 500 人守伊犁时，阿睦尔撒纳反叛，差点毁了清朝在西域的经营。驻守伊犁的班第将军因兵力悬殊，拔剑自刎。乾隆下令必须抓回阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳逃到哈萨克汗国。当时哈萨克汗国分大、中、小三个玉兹，中玉兹的阿布赉汗是投机分子，收留阿睦尔撒纳并与其结盟。
1757 年春，清军再次出征，由兆惠和富德挂帅。清军兵分两路，一路扫准噶尔残部，一路直指哈萨克。深入哈萨克腹地的清军前锋约 5000 人，而阿布赉汗集结数万骑兵。
虽清军人数少且在对方地盘，但装备精良，有大量鸟枪和 “昂邦章京” 大炮。这支清军是经历内战的精锐，战术配合娴熟。战斗打响，清军战术素养碾压哈萨克军队，数万骑兵一触即溃。阿布赉汗丢下大部队西逃数百里。
富德紧追不舍，搅得哈萨克草原天翻地覆。阿布赉汗明白若不抛弃阿睦尔撒纳，自己王位难保，汗国可能覆灭。于是他翻脸，派人向清军求饶，表示愿抓阿睦尔撒纳。
可惜阿睦尔撒纳警觉，带 8 名亲信逃入沙皇俄国。虽未抓到他，但追击战达到战略目的。1757 年秋，阿布赉汗向清朝递交降表，称愿率哈萨克全部归清朝，永为臣仆。此后，哈萨克汗国成为清朝藩属国，大清势力扩展到巴尔喀什湖以西的中亚地区。
逃到俄国的阿睦尔撒纳结局讽刺。他指望俄国人帮他打回来，却染上天花。1757 年 9 月，35 岁的他在病榻上痛苦死去。即便他死了，乾隆也不放过，强硬向沙俄要人。沙俄起初耍赖，见清军架势，最终交出阿睦尔撒纳的尸体。