霍梅尼与哈梅内伊 2
1963 年6月5日，霍梅尼和哈梅内衣双双被捕。哈梅内衣在狱中遭受严刑拷打，但由于霍梅尼被逮捕，瞬间点燃了伊朗全国的怒火，全国掀起一场反抗浪潮。迫于压力，巴列维不得不将他们释放。哈梅内衣出狱后身体还很虚弱，但还是继续坚持反巴列维活动。 1964 年，霍梅尼再度公开谴责国王，巴列维国王彻底愤怒，他们再次被捕。同年 11 月4日，霍梅尼被流放至土耳其，开启了长达 14 年的流亡生涯。霍梅尼被流放后，哈梅内衣留在国内，迅速成为革命运动的中坚力量。 1968 年，他重新进入神学院学习，同时在地下组织网络，在各地宣传反巴列维、反美国思想。
与此同时。流亡海外的霍梅尼并未沉寂，而是频繁发表演讲，系统提出伊斯兰教法治国的理念。 1970 年伊朗什叶派最高宗教领袖哈基姆去世后，霍梅尼成为新的什叶派最高宗教权威影响力迅速上升，而哈梅内衣则在霍拉桑省全力传播霍梅尼的革命思想。到 1975 年，哈梅内衣已被捕 5 次，也曾短暂流亡国外，但每次获释后都会继续活动，使霍拉桑逐渐成为伊斯兰革命思想的重要传播中心。他向青年传授法律知识，联络神职人员策划罢工与示威，被称为一个热衷知识和革命且极具煽动力的青年教授。 1978 年，由于长期不满巴列维的统治方式，加之石油危机引发经济过热和社会失衡，全国范围内爆发反对君主制的大规模示威。哈梅内衣赶赴德黑兰参与制定行动方案，群众高举霍梅尼画像，高喊打倒国王、建立伊斯兰国家的口号，声势浩大。同年8月，巴列维更换内阁，对包括德黑兰在内的 12 座城市实行军事管制。军警强力镇压示威，造成数千人伤亡，白色革命积累多年的矛盾在此刻彻底爆发，最终引发了伊朗伊斯兰革命。
1978 年8月至 12 月罢工及示威活动瘫痪了整个国家。巴列维国王感叹，作为伊朗国王和一名伊朗人，我无法反对我人民的革命，我感觉很疲惫，需要休息。 1979 年，巴列维被迫出逃，霍梅尼结束流亡回国。哈梅内伊奉命前往德黑兰组织欢迎委员会并参与伊斯兰委员会运作。同时与贝赫什提拉夫、桑贾尼等人共同创建伊斯兰共和党。
1979 年 1 月 19 日，革命委员会任命哈梅内衣为伊斯兰革命卫队总司令。4月1日，霍梅尼宣布国家正式更名为伊朗伊斯兰共和国，并通过公投确立政教合一制度。哈梅内衣掌控的革命卫队和伊斯兰共和党在其中发挥了关键作用。 1979 年 11 月，宪法公投通过，霍梅尼就任最高领袖。 1980 年初，哈梅内衣被指定为。最高国家安全委员会代表，并于 1 月 14 日被任命为德黑兰星期五聚礼伊玛目就是穆斯林社团最高领袖，有率众礼拜宣读聚礼日说教的特权，成为首都的宗教精神领袖。5月当选议会议员，同年又被任命为国防部长，参与组建革命卫队。这支最初用于保卫新政权的力量很快发展成数十万人规模的武装集团，并逐步涉足经济领域，成为哈梅内伊巩固权力的核心工具。

两伊战争爆发后，哈梅内衣以革命卫队领导人身份亲赴前线，其战时表现进一步巩固了政治地位。 1981 年6月，他在清真寺演讲时遭遇炸弹袭击，右臂瘫痪。同年，总统拉贾伊遇刺，国家陷入权力真空。哈梅内衣当选总统，并于 1985 年成功连任，在任内兼任最高防务委员会主席和文化革命最高委员会主席。长期战争严重拖垮伊朗经济。到了 1988 年春天，霍梅尼的身体状况急剧恶化，哈梅内伊和拉夫桑贾尼联名向霍梅尼陈述利害得失，希望停止两伊战争，为此遭受到议会和政府内保守派的猛烈攻击。霍梅尼却强硬的说，战争并非我们挑起的，那并不意味着我们必须屈服。