顺治八年，距多尔衮去世仅两个月，他便遭到顺治皇帝清算。
据清朝官方史料，多尔衮被 “削爵、撤庙享、罢谥号、黜宗室、籍财产入宫”。这位曾权倾朝野的 “皇父摄政王”，在清朝入关、定都及肃清明朝残余势力中战功赫赫，最终却落得尸骨无存。而这一切，早在多年前的政治布局中就已埋下伏笔。
1643 年，皇太极驾崩且未立储君，诸王权力斗争激烈。多尔衮虽手握军权，却因出身非嫡，无继承资格。为避嫌，他扶持六岁的皇太极第九子福临即位，自居 “皇叔父摄政王”。一年后，他自称 “皇父摄政王”，权位之高，年幼的顺治难以制衡。
摄政七年间，多尔衮集军政大权于一身。1644 年，吴三桂引清兵入关，他借此攻破李自成，进驻北京，改顺天府为都城，正式接管明朝旧制。定都、官员任命、封爵赏赐等大事皆由他裁定，顺治只是挂名皇帝。
然而，多尔衮一生未立嗣，清廷《实录》未提他有子，也无正妃。此事生前被淡化，死后却至关重要。没有继承人，就没有政治遗产，宗室对他的忌惮在他死后迅速转变。
1650 年冬，多尔衮外出狩猎坠马而死。济尔哈朗立即控制朝政，联合礼亲王满达海和顺治进行政权重组。次年年初，清廷发布上谕，对多尔衮全面清算，撤庙、黜宗、断谥，废除一切爵禄封号。
清廷行动迅速，阿济格谋图继承兄位，被济尔哈朗揭发下狱，顺治削其爵位。与多尔衮交好的亲王、勋臣纷纷划清界限自保。
比清算更关键的是谁从中得利。原本附多尔衮的两白旗旗主转向顺治，成为新帝倚重对象。镶蓝旗旗主郑亲王济尔哈朗重新掌控辅政权，完成权力交接。礼亲王满达海虽事后被顺治追废，但曾大肆侵吞多尔衮财产，权势一度暴涨。
乾隆年间为多尔衮平反，称顺治年幼受奸人煽动，未察其忠。但济尔哈朗、满达海等人是否是替罪羊，史家难有定论。
历史就是如此吊诡，多尔衮生前扶植顺治，却难逃权力的自我清洗。他的倒台是皇权结构、宗法继承、个人权谋交织的必然结果。正如《资治通鉴》所说：“权重者必危，势极者必败。” 多尔衮也未能例外。