被扣押的中国渔船“琼东渔11998”当时在长崎县外海约90海里处作业。此处在中日渔业协定暂定措施水域十点连线之外。
日本方面说该船在捕捞鲭鱼、竹夹鱼，使用的是细密网眼的“虎网渔法”。
中日渔业协定规定，缔约方每年决定在本国专属经济区的缔约另一方国民及渔船的可捕鱼种、渔获配额、作业区域及其他作业条件。
该协定同时规定，被逮捕或扣留的渔船及其船员，在提出适当的保证书或其他担保之后，应迅速获得释放。缔约各方的授权机关，在逮捕或扣留缔约另一方的渔船及其船员时，应通过适当途径，将所采取的行动及随后所施加的处罚，迅速通知缔约另一方。