钟馗信仰在传入日本后经历了长期的演变，并与本土文化融合，形成了信仰体系与民俗实践。钟馗信仰在日本可追溯至平安时代末期，最初可能随佛教或汉画题材传入。室町时代以后，钟馗逐渐成为汉画的重要主题，受到画师青睐，其驱邪除病的形象开始在艺术层面确立。江户时代是中国钟馗习俗影响日本的关键时期，尤其是清代中期形成的端午悬挂钟馗像的习俗东传，与日本已有的端午节日文化结合。

进入江户末期（约19世纪），钟馗信仰进一步民俗化，发展出鲜明的地域特色和实用功能：在关东与端午习俗融合，钟馗形象被广泛纳入五月五日端午节的“男孩节”庆祝活动中，常被制作成“五月人形”（武者玩偶）或绘于挂轴，装饰于室内，寓意保护男孩健康成长、驱除邪秽。在近畿至中部地区的屋顶驱邪，尤其在京都、大阪等地，产生了将小型陶瓦制钟馗像置于屋顶（特别是大屋根或小屋根檐角）的独特风俗。传说起源于京都三条某药店设置鬼瓦后导致对门居民患病，后改置更强的钟馗像而病愈，此习俗遂流传开来，旨在以钟馗的威猛镇宅辟邪。

钟馗不仅在岁时节日（端午）中扮演了重要角色，更关键的是与日本本土的“道祖神”等民间信仰发生了交融，衍生出诸如新潟阿贺町、秋田鹤形地区等地方特色的守护神形态。钟馗也因此从单一的驱鬼之神，转变为一个集边界守护、疾病祛除、生育祈愿等多重功能于一体的复合型民俗神祇。新潟县阿贺町的“钟馗祭”，此地的钟馗信仰是融合的典型。每年早春举行的大型祭祀中，各地区制作巨大的稻草钟馗人形。这些钟馗像显著特点是夸张表现男性性器，这直接关联到道祖神信仰中祈求五谷丰登、子孙繁衍的核心内涵。祭典同时祈愿家宅平安、无病消灾，钟馗在此完全吸纳了道祖神的地域守护与生育神格，成为县级非物质文化遗产。秋田县能代市鹤形地区，这里的钟馗信仰同样呈现出强烈的道祖神色彩。钟馗以三对夫妇（男女各三尊）的形式，被供奉在村落六个边界处，明确承担着防止“恶物”进入聚落的“塞神”职能。其形象巨大（约2米），以稻草为身、树根为角，相貌威严，佩带木制武器，直接驻守于边界大木之上，是典型的边界守护神表现形式。