在早期丸山的《日本政治思想史研究》中，丸山洋洋洒洒分析了从仁斋、益轩到徂徕的朱子学思想，尤其详尽分析了徂徕对朱子学的颠覆，就可以发现日本本土的思想对朱子学超越性的颠覆，将超越的天道又拉回到了地上，并且联系起日本的神道，自此朱子学的天道成了要顺应的天命，人对于穷理的肯定被否定，将天命推举向无限远的彼岸并认为不可知，治国和修身齐家分离，只要能治国什么理念都是好的，这也就影影绰绰展现出日本军国主义的逻辑色彩。分析完细节，丸山总结道：我们总算围绕徂徕学的基础结构走了一圈。要而言之，我们在此看到的是一切意义上的朱子学的反命题。合理的天道被转变为非合理的天命;人们对于“穷理”的能力，被命令停止使用;圣人成了不同于一般人的异质存在;规范与自然的连续性被一刀切断;严厉主义被废止;治国平天下离开修身齐家而独立出来，另立门户。这样，朱子学的连续性思维在此已完全解体，一切都走向了独立化。这就是我们在具有代表性的人物素行、仁斋、益轩等人那里探测出的各种要素所达到的最终发展形态。