“后世对《解深密经》的理解出现分歧，导致出现"阿陀那识"为第七识、第八识的争论。首先，"有色诸根及所依"（《解深密经》卷一："于中，最初一切种子心识成熟展转和合，增长广大，依二执受：一者、有色诸根及所依执受，二者、相名分别言说戏论习气执受……广慧！此识亦名阿陀那），有色诸根是五根，而争议点在于"所依"，按照圆测《解深密经疏》的解释"执受五根及彼所依色香味触为所依止"，所依就是五根所依的扶尘根﹣﹣色声、香、味、触；窥基明确指出："根通五根，唯自身者，依处即或诸扶根。"因此，按照圆测与窥基的解释，"有色诸根"是指五净色根，而"所依"即指扶根尘。但是，台湾释如定引用《摄论》中的"身者识",认为身者识即是根身的所依，即染污意。因此，《解深密经》中"有色诸根及所依"的"所依"也应该指第七染污意。这种分歧的焦点在于对"所依"理解的不同。从生理结构来说，五根具有发识取境的作用，是依附在眼球、耳穴、鼻梁等血肉（肉团）之内部，这些肉体所以成为五根的"所依"，即住处。而《摄论》的"身者识"，是从染污意（阿陀那识）执持根身的意思来说，二者的含义并不一致。而且，从《解深密经》前后文来看，"所依"应该指扶根尘，由于阿陀那识的执受作用，因此羯逻蓝（受精卵）的名色增长。
其次，对"阿陀那识为依止，为建立故，六识身转"，圆测解释说，"此中应说末那俱转而不说者，举初举后，略而不说"，圆测认为阿陀那识作为六识生起的依止，应该即末那识，印顺从经文脉络和义理分析，主张在《解深密经》中，本识一而转识有六，本末合论唯七心。以阿陀那识执持身根故，能生起六识，所以阿陀那识即是末那识之名。但是，对阿陀那识生起六识，可以如圆测、印顺所理解；若从阿陀那识作为一切种子识的异名，六识依止阿陀那识所摄持的种子而生起，亦无不可。
我们认为，《解深密经》对心意识的差别具有模糊性，其第七识与第八识处于一种整体的状态，其不同的功能分别由阿陀那识、阿黎耶识、心不同异名承担，阿陀那识的功能可以分归纳为三点：一、执受有色诸根及所依；二、执受相、名、分别、言说戏论习气；三、为建立六识的依止。——圣凯《摄论学派研究》”