1402 年，朱棣攻下南京，大将徐辉祖拒不迎接，被抓入狱。朱棣亲自审问，徐辉祖一言不发，毫无拥戴之意，朱棣怒喝：“别以为我不敢杀你！”
徐辉祖出身显赫，父亲是大明开国第一名将徐达。他继承了父亲的优良基因，身高近两米，仪表堂堂，且文武双全，是带兵打仗的好手。二十出头，他就执掌左军都督府，三十岁左右平定边境叛乱，在朱元璋和朱允炆眼中，他是大明的定海神针。本可安稳做太平勋贵，命运却将他卷入皇权交替的漩涡。
建文元年，朱棣欲造反，派三个儿子到南京祭祀。建文帝朱允炆拿不定主意是否扣下他们，便找徐辉祖商量。徐辉祖虽是三个燕王府少爷的亲舅舅，却抛开私情，直言朱高煦凶悍无赖，不扣下将来必成朝廷大患。可惜朱允炆心慈手软，放他们回了北平。后来，朱高煦在靖难之役中成为朱棣的得力战将，南军损失惨重。
靖难之役打响，朝廷表现糟糕。老将耿炳文首战失利后，建文帝不用徐辉祖，却重用纸上谈兵的李景隆，导致郑村坝、白沟河两场惨败，几十万精锐灰飞烟灭。危急时刻，徐辉祖挺身而出，拼死殿后，保住朝廷元气。
建文四年的齐眉山血战，朱棣孤军深入，以为能轻易取胜。徐辉祖率援军赶到，身先士卒，斩杀燕军先锋大将。燕军节节败退，加上瘟疫蔓延，士气低落，朱棣甚至想撤兵。此时，朝廷大军离胜利最近。
然而，建文帝听信谣言，以 “京师无将，需要防守” 为由，将徐辉祖调回南京。徐辉祖一走，南军失去脊梁。朱棣抓住机会，灵璧之战大获全胜，直逼南京。
兵临城下，徐辉祖在浦子口死战，和盛庸挡住朱棣。但李景隆打开金川门，迎燕军入城。南京城破，满朝文武为保乌纱帽，纷纷迎接朱棣，只有徐辉祖回到魏国公府，在父亲祠堂以死明志。
朱棣登基后，对徐辉祖软硬兼施。亲自派人劝降，还将他抓进大牢审问。徐辉祖连正眼都不看朱棣，不跪不磕头不求饶。朱棣咆哮着说不敢杀他，官吏逼他写供词认罪，他写下 “开国功臣中山王子孙，免死”。这是朱元璋赐给徐家丹书铁券上的话，潜台词是朱棣没资格审判他。
朱棣气得发抖，但不敢杀他，怕寒了开国功臣和勋贵的心，加上徐皇后求情，只能削去他的爵位和俸禄，将他幽禁在家。五年里，亲戚朋友、皇后姐姐多次劝他服软，他至死未低头。永乐五年，年仅四十岁的徐辉祖在沉默与坚守中离世。