【几分钟扫完细菌全基因组,MIT团队用AI找出大量未知的抗病毒防御系统】
最近,MIT 的科学家开发了一套叫 DefensePredictor 的 AI 模型,可以从细菌的基因组里快速找出那些隐藏的防御系统。
研究人员先用约 1.7 万个细菌基因组训练这个模型。他们给模型看了两类蛋白质:一类是约 1.5 万个已知能抵抗病毒的防御蛋白,另一类是约 18.6 万个负责日常家务的普通蛋白。通过反复比较这两类蛋白的特征,比如基因长度、周围的邻居基因、DNA 序列里的特殊模式,AI 学会了快速区分谁是防御战士,谁是普通居民。日前,相关论文发表在《科学》杂志上。
论文作者只有三位,他们分别是 MIT 博士生 Peter DeWeirdt、前 MIT 高级研究支持助理&目前在美国约翰#霍普金斯大学# 读博的 Emily Mahoney 以及 MIT 副教授 Michael Laub。其中,Peter DeWeirdt 还曾在辉瑞公司实习过。
很多人都知道,细菌和病毒之间的战争,已经打了数十亿年。病毒是地球上数量最多的生物,每天能消灭 10% 到 25% 的细菌。为了活下来,细菌进化出了各种各样的防御武器。
有些武器已经被人类拿来用了,比如大名鼎鼎的 CRISPR 基因编辑工具,它最初就是从细菌的免疫系统里发现的。不过细菌的防御武器库还远没有被人类摸清楚。
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