1948年12月，平津战役局势危急，蒋介石启动了“抢救学人计划”。北大校长胡适和清华校长梅贻琦先后南下。

梅贻琦的离开，除了担心新政权可能干预教育、破坏学术自由外，还有一个更为现实的问题，就是清华的庚子赔款很可能保不住，或者被公有。

民国时期的知识分子地位很高，梅贻琦南下去了南京之后，蒋介石非常高兴，要任命他为教育部长，结果梅贻琦拒绝就任，他坚持只搞教育，不做官。

1949年之后，梅贻琦去了美国，他在纽约以清华校长的名义，独自掌管清华庚子赔款基金，过着清贫生活，与朋友合租闲置公寓，房间极小，家具简陋，没有独立客厅。然而，台湾方面曾提议将他的月薪从300美元大幅加薪至1500美元，却被他断然拒绝。

在美国的几年间，他长期观望新中国的发展，也曾认真考虑过是否返回。但随着新中国一系列政治运动的推进，他对新中国的教育环境感到担忧，最终逐渐打消了回去的念头。

直到1955年，他最终决定带着清华庚子赔款这笔巨款和清华校格去了台湾，在新竹重建了新竹清华大学，延续了清华大学的香火。