国民公会正式将涉及叛乱分子、不服从教规的神父和流亡者的案件从陪审团管辖范围中移除，这些人被宣布为“民事死亡”。1793年3月19日的法律赋予刑事法院无需陪审团即可进行简易审判的权力。法官仅凭两名证人的证词，就必须判处被贴上“亡命之徒”标签的被告死刑。早在3月30日，下莱茵刑事法院就将此法令应用于三名来自莫尔塞姆地区的年轻人，他们因先前的罪行被捕，后被追溯指控叛乱，并被判处死刑。 1793年8月，反对大规模征兵的抗议活动爆发。根据国民公会法令授权​​的刑事法庭，在下莱茵河地区巡回审判，进行“革命性”审判。在科赫斯贝格的贝尔斯特海姆和胡滕多夫、尼德布龙和梅尔茨维勒以及布克斯维勒，都发生了断头台处决。10月15日，派往阿尔萨斯的代表和莱茵军团组建了一支革命军队，并设立了一个革命法庭，由民政专员尤洛格·施耐德指挥。这个由三名法官和一名书记员组成的法庭最初设在斯特拉斯堡，随后开始巡回审判。在1793年10月25日至12月13日期间，该法庭审判了321人，宣判52人无罪，判处33人死刑，并处以总计超过一百万里弗尔的罚款。 虽然这个革命法庭最为人所知，但在 1793 年秋季至 1794 年夏季期间，阿尔萨斯还存在其他几个特殊的司法管辖区，它们以革命的方式进行审判，但并不遵循任何特定形式：萨韦尔讷革命委员会，由圣茹斯特和勒巴人民代表于 1793 年 10 月 23 日设立；莱茵河军团附近军事法庭特别革命委员会，由圣茹斯特和勒巴于 1793 年 10 月 26 日颁布法令设立（该委员会不仅审判军事人员）；布克斯维勒革命委员会，由博多和拉科斯特人民代表于 1793 年 11 月 25 日颁布法令设立；科尔马革命法庭，由埃罗·德·塞谢勒人民代表于 1793 年 11 月 29 日颁布法令设立；下莱茵革命法庭，由代表博多和拉科斯特于 1793 年 12 月 8 日颁布法令，由圣茹斯特和勒巴于 1793 年 12 月 17 日颁布法令；上莱茵和下莱茵革命委员会，由博多和拉科斯特于 1794 年 1 月 25 日和 26 日颁布法令；上莱茵革命委员会，由人民代表亨茨于 1794 年 7 月 3 日颁布法令。