nyouyou 26-04-27 22:06

借着热度宣传一下:我们@深圳医学科学院 的冷冻电镜平台超级棒,按照深圳的要求共建共用共享,为全社会提供全链条服务,运维成本价收费,数据收集快质量高态度好。所以,证明你也可以用电镜灌水的机会来了[坏笑]

书接上文:
结构生物学的落点在于“生物学”,所以一直以来,我们都知道结构是媒介,理解生物机制,搞清治病机理,发现生物规律,利用结构做药物设计、工程设计才是目的;但是大家往往忽略了一点:冷冻电镜中这个镜它就是显微镜,显微镜被发明出来是为了观察世界的。所以从这个角度说,我们还真是不忘初心,#cryoseek 酷寻# 就是让电镜回归其应有之义,变成了发现的工具。

在这里科普一下,生物发现大体有几种:1. 观察:肉眼到光学显微镜到而今的冷冻电镜,先观察到现象,再去研究背后的机制,所以#cryoseek 酷寻# 其实又是最经典最复古的思路;2. 遗传学方法:通过突变,看到表型区别,进而对应到基因型,从这个角度说,而今基于各种组学的分析也有类似之义,就是建立基因型(或转录组、蛋白组)和表型的关联;3. 生化方法:设计个assay,有input和readout,通过不断地组分分离找到对应的生物大分子......当然如果要细化,还可以讲很多,那就不是几千字能打住的了。

作为科研工作者,尽管繁琐的日常倒也是一种训练,但重复性劳动都是大家厌弃的。当我们用#cryoseek 酷寻# 睁眼看世界,数据量实在太大了,所以我们首先与@深圳医学科学院 的胡名旭研究员一起开发了新算法,做到了高通量,一天可以获得数个电镜密度图;而申怀宗研究员也与西湖大学的原发杰教授利用AI赋能加速电镜图像处理......简而言之,就是降低了技术门槛,节省了大量时间。下一步就是要基于这些密度图搭出结构。对于蛋白质,现在已经相对简单,或者把AlphaFold预测的模型先放进去,或者用一些软件直接搭......但是,我们日常最熟悉的碳水化合物它们在生物学研究里属于高冷难题啊,没有现成程序可以搭模型啊。所以我们还得自己开发新方法。我实验室的博士后小天才(小=年轻)陈晟博士可有用武之地了。

陈晟在中山大学计算机系读博期间就开发了EModelX这个利用机器学习自动搭建蛋白结构的算法,到我实验室第一天就被我劝着去做糖的自动搭建。小天才上手就是快,短短几个月就拿出#EModelG#,然后黄隽豪同学这套超高分辨率数据给了他优化、验证的机会(目前仍然在优化中)。所以,我们就是这样一步步被解放着,尽量跳过技术限制探索无垠世界。

发布于 广东