元朝恢复科举之后，确实开始高度推崇程朱理学，这一点没有疑问。但另一方面，元朝并未抛弃传统汉学，即唐代成书的《五经正义》系统。科举方面，元朝同时规定理学著作与《五经正义》为科举参考书。只有《四书》是单独参考朱熹《四书章句集注》。

四书单用朱熹集注本身问题也不大，因为四书这个概念就是朱熹创立的，大学中庸原本就是礼记的篇章，缺乏独立性，朱熹之前四书根本不可能得到整体注解。孟子方面，朱熹以前的汉儒孟子注解质量并不高，因为《孟子》的地位也是宋代逐渐升起来的。只有《论语》在宋以前就有何晏注解等一些质量尚可的注释书。但总体而言，《四书》在元代最好的注本还真就是朱熹那一套。

五经层面，易经用周易本义、程氏传，尚书用书集传，诗经用诗集传，春秋用胡安国春秋传，这些都是元明清三朝标准。但同时元朝准许用五经正义，而礼记在元朝根本没有成熟的宋儒注解，所以单用礼记正义。

元朝建立的这套标准本身问题不大，但早在宋末，程朱理学就已经取得了绝对优势地位，南宋前期曾经一度出现儒家内部的“百家争鸣”，朱熹、陆九渊、吕祖谦三家并立，但到了南宋末年，陆派和吕派明显已经衰落，很难看到他们学术传承人的代表著作。而理学则逐渐一家独大，甚至王应麟这种重视汉学的儒者都成了少数。

而且宋儒注解整体而言要比汉儒注解简单很多，例如同为尚书注解，尚书正义二十卷，书集传六卷，诗经注解方面诗集传有十三卷和二十卷本，但毛诗正义多达六十三卷。对于科举考试而言，显然是字数少的参考书更管用。所以元朝虽然没限制汉学派发展，汉学派却在科举竞争中自然被淡化了。

（事实上即便同为理学著作，周易经解，程颐的程氏易传受众都远不如朱熹的周易本义。）

到了永乐时代，朱棣试图编纂《五经大全》作为官方科举考试标准。这个想法原本并没有多少问题。但当时的客观条件却是：经历了元明易代和靖难之役，很多元末明初的学者都已经死亡，明朝当局没有足够的学术人才。这导致他们对已经逐渐陌生的汉儒著作缺乏辨别能力。另一方面，主持《五经大全》编纂的胡广等人为求省事，一律从速，只是单方面抄录元朝流行的儒经注解，而这些元儒又全都是理学派，朱棣自己也不了解其中门道，不关注修书细节。一系列阴差阳错之下，《五经大全》成了单方面宣传理学经解的工具，所谓“大全”，其实跟“周易本义+书集传+诗集传+礼记集说+胡安国春秋传”没什么区别，更重要的是它还是科举唯一参考著作。结果就是，汉学经典在明朝被彻底遗忘将近200年，直到明末才有部分学者逐渐发现汉儒著作。

而汉学派著作全面得到关注和重新阐释，要等到清朝了。