关于天启六年王恭厂大爆炸原因，刨除过于荒谬的猜测（外星人恶作剧说、反物质爆炸说），可能性较小或被其他辅助资料证伪的猜测（流星说、地震说），最大的可能就只剩黑火药因自燃或管理操作不善而爆炸了。

明朝京师各处火药厂局所贮的火药平时都保存在地窖中，「地深三十尺，实火药于中，上盖石板，再加横木，复覆以土，以备不虞」。王恭厂爆炸后地面上出现多个大坑，例如刘若愚《酌中志》「又有坑深数丈」；高汝栻《皇明法传录》「平陷数坑」；吴长元《宸垣识略》「平地陷二坑，约长三十步，阔五十余步，深二丈许」。这些大坑应是王恭厂火药窖藏库被一个接一个引爆的证据。

王恭厂爆炸死亡人数，《天变邸抄》称「人（死）以万计」。然而西城御史李灿然统计这次灾变的损失是「塌房一万九百三十余间，压死男妇五百三十七名口」。崇祯年间刘侗、于奕正编纂《帝京景物略》时，访求京城各处名胜史迹，在写到日中坊（即北安门）火神庙时，也提到王恭厂大爆炸「东自阜成门，北至刑部街，亘四里，阔十三里，宇坍地塌，木石人禽，自天雨而下。屋以千数，人以百数」，死亡人数更接近西城御史的统计，而与《天变邸抄》所称死亡上万人不同。明朝遗老史玄在清初写的《旧京遗事》中也称「王恭厂之变，击坏西城两三条街，伤百许人」。

关于王恭厂大爆炸死亡人数的巨大差异，应考虑到王恭厂大爆炸发生在天启六年，当时朝野之中的反阉党势力出于政治需要，有意夸大王恭厂灾变的种种“怪异”之处，把爆炸向“妇寺作乱、天变示警”的方向引导，比如朱长祚《玉镜新谭》记载「钦天监占曰『地鸣者，天下起兵相攻』。时有奴酋作难，黔南、八闽继乱，妇寺大乱」。但是魏忠贤把这类言论视为“妖言”，凡是抓到借王恭厂灾变攻击九千岁者，一律处死。像进言“妇寺大乱”的那位钦天监官员，就被魏忠贤下令杖一百，给打死了[允悲][允悲]

历史上明清北京火药库起火爆炸的事件屡见不鲜。万历二十一年、万历三十三年，崇祯二年、崇祯三年、崇祯七年、崇祯十一年，京师的几处火药厂都发生过大爆炸。万历三十三年九月，京师内城东南隅盔甲厂发生大爆炸，爆炸原因是官军领取的黑火药年久受潮，凝结如石块，一人用斧子将其劈开，结果产生火星引爆了火药[黑线][黑线]这次爆炸，烧死京营药把总等官九员、军人六十三名，重伤者二十一名，毁房屋若干间。

崇祯七年九月七日，盔甲厂再次发生火药大爆炸，「损房屋人甚多」，将研制火药的一尊石碾子远抛至泡子河城墙下；又有一石碾自空中落下，砸中民居，打透房顶，坠至炕上，而炕上所卧小孩安然无恙。又有一人尸首挂在梁上，头与脚下垂，「止有皮，无衣无肉骨，比生时颇长许多」。有一个叫吴羊儿的小贩，当天担食物入盔甲厂售卖，「忽觉眼前一黑，耳畔略闻有些微响声，移时始醒，开眼视之，则身立于泡子河桥上，安然无恙」；「又有一卖肥皂者，平日素在崇文门外售卖，当天偶然入城索债，被震死于姜百户家门口，肥皂箱油粉狼籍，见者无不悚惧。」

崇祯十一年京城接连发生三次大爆炸。当年四月火药局火药爆炸。六月二日西直门内安民厂（原王恭厂）发生大爆炸，死伤万余人，震坏西直门、阜成门门楼，连西直门附近的城墙都炸坏了。八月初七卯时，位于旧鼓楼大街东绦儿胡同的枪局又发生大爆炸，爆炸之后升起浓烟“如灵芝、如云、如浪”。崇祯十二年六月火药局再次发生爆炸。

清代有关火药库起火爆炸的记载也不绝如缕。康熙三十五年冬天福州火药局爆炸，康熙批示令典守者赔偿。乾隆二十九年肇庆火药局失火轰毁。嘉庆二十五年宁波提标右营火药局因舂配火药迸出火星引发爆炸，轰毁房屋多间，轰毙兵民三十一名，受伤者四十八名。同治六年十月二十五日，武昌火药局因晾晒火药不检，发生火灾，延及半里之外的火药库，附近居民死伤不少。

晚清外交官薛福成在《庸盦笔记》中记录的同治九年二月长沙火药局爆炸，威力也十分骇人：「十里之内，忽闻天崩地坼之声，墙屋震撼，门户动摇……环局二三里外，居民无一免者」。爆炸产生的黑烟笼罩长沙全城达两个时辰，「仰视则如黑云遮空，又如群鸦蔽天而过，寥然辖然，其声砰然，间有堕地者，则皆门窗砖瓦器皿，及死人血肉」。 火药局外原有一条溪河，竟被这次爆炸掀起的泥土填为平地。距城二十里以内，皆有死人手足肩股挂在屋脊上、树枝间，累累不可胜数。湖南巡抚署前有一人自半空坠下，依然徐步而行。众人见状诧异问之，答云「我乘气而上，乘气而下，初不自觉也」。长沙火药局中的火药都藏于地窖之中，不知火从何入。幸运的是，火药库中最大的一处藏药地窖距爆炸之处较远，幸未被爆炸波及，否则长沙全城将夷为平地。

光绪二十五年（1899年）五月初七，京师石碑胡同的军器厂也发生火药库大爆炸。震钧《天咫偶闻》记述说，当时「西城忽有大声如地震，屋宇皆摇阖，厂房均震飞，地陷巨坑。右邻尼庵，禅房、香积，尺椽不存，惟佛殿仅在。四旁人家，毁屋无算，伤人亦无算……其日厂兵点卯甫毕，众往食肆早饭，故免者甚多」。巧合的是这次爆炸发生在五月初七，日期与当年五月初六的王恭厂大爆炸只差一天。