清军在明末清初对人民的大规模屠杀，从1619年萨尔浒之战后占领辽东地区开始，一直到1681年康熙镇压“三藩之乱”为止，持续了大约六十年。
满清遵循“守城必屠”的野蛮军令，对一切抵抗者均采取无差别屠杀的手段，只有在战争开打之前就主动投降的可以免死。
《清实录》记载，顺治五年（1649年）郑亲王济尔哈朗南征的时候，圣旨就命他：“抗拒不顺者，戮之；不得以而后降者，杀无赦。” 这就是军令，不是下令屠某一个城，而是一个原则性的军事纪律。后来济尔哈朗在湖南屠城，就是依据的这个军令。
清军对中国人民的屠杀，是一种有组织的军事化屠杀，而不是士兵泄愤式的滥杀，更不是为了财物抢劫杀人，杀人效率极高。这种军事化屠杀持续了超过半个世纪，参与屠杀的军队既包括满洲蒙古军队，也包括投降了满清的汉奸部队——也就是所有的清军，他们无论何种民族身份，都必须遵守这个军令，不存在想不想屠城的问题，不屠的会被追究违反军令的责任。
顺治年间，几乎每一封前线军事报告，都会有对反抗者“尽行诛戮”、“贼党尽皆诛戮无遗”、“剿洗已尽”的表述，以向皇帝或多尔衮表明自己执行了“抵抗必屠”的军令。对此，皇帝或多尔衮的批示总是泛泛的予以夸奖，或者简单的说一句知道了。
反之，如果不执行屠杀抵抗者的军令，就会被责问。顾诚《南明史》中记载，顺治六年二月，吴三桂手下的总兵任珍，在战斗中俘虏了四十九名明军士兵，没有杀掉。这事儿被兵部知道了，就觉得不正常，给多尔衮汇报。多尔衮下旨说：“阵获之人抚而不杀……此事甚不合理”，令兵部给吴三桂发文，让他核查解释 。也就是说，杀人不用解释，不杀人反而要被调查；胡乱杀人受到奖励，仅四十九个人不杀，都会被朝廷责问。
在这种军事原则的指导下，清军自然是能多杀就尽量多杀，以杀人多为荣为功。
经过持续六十年的军事化屠杀，明末人口从超过4个亿，下降到了不到一个亿。“扬州十日、嘉定三屠”不过是清军屠杀中国人民罪行的九牛一毛而已。四川地区人烟稀少的情况，也不过是全国惨状的一个片段而已。不过因为张献忠占领过一段时间，对反抗者（主要是地主士人集团）也杀的比较狠，清政府就找借口把四川人口大规模灭绝的罪行重点推卸到张献忠头上。清军大规模的屠杀还有屠济南、屠临清、屠广州、屠赣州等等。东南沿海经济最发达、手工业技术最先进的城镇，大片大片被摧毁变成废墟、大量城镇化人口被屠杀殆尽，无数先进工艺和科学知识因此失传。这是人类历史上最大规模的人口屠杀事件，超过了蒙古西征和欧洲在美洲的种族灭绝行为；同时，它也是中华文明历史上最严重的一次文明倒退，超过了犬戎灭西周、元灭南宋和五胡乱华。
——根据《巨变与突围：碰撞中的清帝国：1644-1840》相关章节内容整理。