使用撤稿的文章作为国家自然科学基金项目结题成果属于严重的科研不端行为，将面临严厉的处罚后果。
根据国家自然科学基金委员会的相关规定和实际处理案例，主要后果包括：
一、法律依据
《国家自然科学基金条例》第三十五条第四项规定，对于"提交弄虚作假的报告、原始记录或者相关材料的"行为，将撤销原资助决定，追回已拨付的基金资助经费；情节严重的，5至7年不得申请或者参与申请国家自然科学基金资助。
《国家自然科学基金项目科研不端行为调查处理办法》第四十六条明确规定，项目负责人、参与者在项目结题报告等材料中有提供虚假信息等行为的，将依照相关规定进行处理。
二、具体处罚措施
项目撤销：撤销相关国家自然科学基金项目
金追回：追回已拨付的项目资金
格限制：取消项目申请和参与申请资格3-7年
纪律处分：给予通报批评处理
职称影响：情节严重的，5-7年不得晋升专业技术职务
三实际案例钟国梁案例：因撤稿论文存在抄袭剽窃、未经同意使用他人署名等问题并在项目结题报告中提供虚假信息，被撤销项目"手腿转换型足式移动机械手耦合动力学与协调控制研究"，追回已拨资金，取消国家自然科学基金项目申请资格5年（2021年10月18日至2026年10月17日），并给予通报批评。孙俊锋案例：因撤稿论文存在编造实验过程、伪造研究结论、未经同意使用他人署名等问题并在项目申请书及进展报告中提供虚假信息，被撤销两个国家自然科学基金项目，追回已拨资金，取消项目申请和参与申请资格5年，并给予通报批评。
王立明案例：因将存在问题的论文列入相关基金项目申请书或进展报告、结题报告，被撤销三个国家自然科学基金项目，追回已拨资金，取消项目申请和参与申请资格5年，并给予通报批评。
四、影响范围这些处罚不仅影响个人科研生涯，还会对所在单位的科研信誉造成负面影响。国家自然科学基金委员会会定期公布不端行为案件处理决定，相关信息会在官方网站公开，对科研人员的学术声誉造成长期损害。因此，科研人员必须严格遵守科研诚信要求，确保项目结题材料的真实性和完整性，避免使用任何存在学术不端问题的研究成果作为结题依据。