清军镇压太平天国革命的战争，导致了中国南方人口大约减少了5000万到1个亿。这是继两百年前清军征服中国导致了超过2亿的人口损失之后，给中国人民制造的又一次巨大灾难。
跟建国初期的屠杀一样，清军镇压太平天国的军事行动之所以会造成如此巨大的人口损失，跟满清野蛮的军事纪律密切相关。同时，以曾国藩为代表的理学士大夫的残忍无情，以及清军的纪律败坏也是重要原因。太平军由于长期坚持严格的军事纪律，又在其占领地区推行轻徭薄赋的税收政策，其军事行动带来的人口损失很少。在后期，由于洪秀全疯狂封王封丞相，太平军军阀化现象严重，不少地主团练和地痞流氓混入，军事纪律废弛，出现了很多烧杀抢掠的情况，也给经济社会制造了巨大的破坏。但总体而言，人口损失主要还是清军的屠杀和劫掠造成的。光绪《无锡金匮县志》卷七《兵事》总结无锡破坏情况说：“城中民居十无一二，盖贼（指太平军）毁其二；土匪毁其一；其五六则兵勇（指清兵及地主武装团练）争遗物不均，遂付之一炬耳。”。在估算各方势力造成人口损失中，这个比例可以作为参考，清军制造的损失超过百分之六十，占了绝大部分。
英国驻华领事富礼赐曾经在江南太平天国统治地区走陆路游历，又在南京城外的小船上住过好几个月。他对后期太平军和清军纪律的总体评价是：
“太平天国部队的行为丝毫不比清军的行为恶劣，且绍兴与杭州之类城镇的居民，在太平天国治下过的日子，比起那些城市被清廷收复、落入蛮族官员之手后居民的不幸遭遇，要好上太多。 ”
清朝中央朝廷，跟他们野蛮的祖先一样，对人民革命这种事情，除了主张将参与反抗的全家老小一律杀光以外，没有任何军事纪律要求。只要能维持其反动统治，清廷根本不介意军队如何杀人放火。
在广西围追堵截的过程中，清军就一路烧杀抢掠。主帅向荣亲自指使兵勇沿途“渡河抄掠，民物殆尽”。“田里桑麻尽铲空”、“奸淫妇女、中丞莫能禁”。其中又以来自广东的潮勇最坏，时称“土匪如篦，潮勇如洗”的说法，也就是土匪劫掠，不过像篦子（比普通梳子更密更长一些的头发整理工具）一样，刮掉一些头皮屑和头发；潮勇过处，民间财物如同被水洗过一样干净。“处处瓶垒余瓦砾，井邑萧条足感伤”。
面对清军的劫掠，搞得一些尚有良心的清朝地方官也很恼火，干脆下令对害民的清军兵勇“民间自行戕杀” 。
清军绿营纪律之坏，对人民戕害之惨，众所周知，相关资料如汗牛充栋，从广西一直到江北江南大营以至于江苏浙江等地都是如此，不需要更多说明。但很多人对新起的湘军还抱有幻想，觉得湘军应该是纪律不错的。曾国藩在这方面确实比较注意，还专门写了《爱民歌》来对湘军进行教育，明确规定了不准劫掠居民财物、买东西要付钱、不准调戏妇女等等。
但实际情况是，湘军的纪律只是比绿营略好，跟太平军相比仍然要差得多。湘军所过之处，沿途士绅向曾国藩投诉其强占房屋、劫掠财富的文献资料非常多。
要正确认识湘军的纪律，首先要搞清楚湘军系的各个派别。湘军分为狭义的湘军和广义的湘军系军队两个概念。狭义的湘军，就是曾国藩直接控制、其第曾国荃直接指挥的那三四万军队（南京围城期间增至十万），其中包括水师。这支军队平时的纪律比绿营确实要好一些，因为他们负责跟太平军主力决战，沿长江攻陷安庆、南京等战略要地，没有比较好的军事纪律无法保证战斗力。为此，曾国藩很舍得下血本，基本方式有两个。一个是多发钱，把朝廷的钱、募捐的钱、厘金都拿过来发军饷，工资水平是绿营的三四倍，又在水师上设立“船台”——也就是一艘专门负责日常物资供应大船，士兵们需要买的东西基本都有而且价格也很便宜，可以毋庸出去劫掠也能保障生活。另一个，就是允许屠城劫掠，也就是说，平时不准抢劫，一旦攻破太平军占领的城池，就可以放开了杀人放火，把整座城市洗劫一空，劫掠的财物全部归士兵个人所有。这就是所谓的“一年不开张、开张吃十年”，平时不怎么抢劫不杀人，一次抢劫杀人的数量足以抵得上其它“纪律不好”的清军折腾好多年的。
九江屠城、安庆屠城，都是很惨烈的。曾国藩在被咸丰皇帝逼得回家守孝期间，也多次给前线带兵的弟弟曾国荃写信，鼓励其尽量多杀。听到九江屠城，他非常高兴，说：“九江克复，喜慰无量。屠戮净尽，三省官绅士民同为称快”。然后，他又要求曾国荃向李续宾学习，以后打仗“只求全城屠戮，不使一名漏网耳。如似九江之斩刈殆尽，则虽迟亦无后患。”
曾国荃在杀人方面似乎总不能完全让曾国藩满意，曾国藩除了多次写信劝导，还屡次直接催促。1861年安庆战役期间，曾国藩亲自作《解散歌》督促太平军投降，声称“八不杀”，以骗取太平军的信任：
“第一不杀老和少，登时释放给护照。
第二不杀老长发，一尺二尺皆遣发。
第三不杀面刺字，劝他用药洗几次。
第四不杀打过仗，丢了军器便释放。
第五不杀做伪官，被胁受职也可宽。
第六不杀旧官兵，被贼围捉也原情。
第七不杀贼探子，也有愚民被驱使。
第八不杀捆送人，也防乡团捆难民。”
受这个《解散歌》的欺骗，加上湘军的军事压力，安庆周边有四千太平军投降。曾国藩立刻写信给曾国荃要求全部杀掉。
曾国荃对杀降一事颇有顾虑，迟迟没有给曾国藩回信。曾国藩等了一天不见回音，便再次写信催促，说：“今日未接弟信，不知……已降之三垒已杀之否？”曾国荃无奈，只得将降兵全部杀掉。曾国藩接到消息，兴奋异常，在回信中把杀降报告称之为“报喜一缄”，又赶紧给老家的二弟曾国潢写信分享杀人的喜悦。后来又有八千太平军来降，也被一律屠杀。
曾国藩在安庆战役中光杀降就杀了一万多人。所以说，对《解散歌》、《爱民歌》这种曾国藩拿来做宣传的文字，大家当个笑话看看就好，千万不能当真。有人因为读了曾国藩的《爱民歌》，就认为湘军有爱民思想，那是太幼稚了，就跟安庆的太平军看到《解散歌》以为投降就能免死一样，不过是上了曾国藩的当。
1862年，湘军攻下安徽宁国府，进城以后马上开始了大屠杀，城内外数万尸体没人收埋。
南京城破以后，曾国藩、曾国荃兄弟当然要纵兵屠城。在给朝廷的报告中，曾国藩大肆吹嘘：“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河，尸首如麻。” 根据《李秀成供述》，城破之前的城内太平军只有三四千人，被湘军杀害的十多万人大部分都是普通市民，其中绝大部分是没有能力提前逃出城的老弱病残和妇女。
据赵烈文在《能静居日记》关于对南京屠城的记载，“老弱本地人民，不能挑担，又无窖可挖者，尽遭杀死。沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无。”
曾国藩对南京城内有大量老弱的情况很清楚，因为城破之前李秀成曾经试图把老弱妇幼放出南京逃命。曾国荃向曾国藩请示怎么办，曾国藩最终决定把这些人赶回去，以加速南京城内的粮食消耗。把人赶回去的做法还可以说是尽快结束战争的需要，而明知把人赶回去了，城破之后还要打着诛杀太平军的名义疯狂屠城，那就只能说是丧尽天良了。
在正式报告中，曾国藩也公开向朝廷声称，自己早已向士兵们许诺城破以后可以随意劫掠，财物都归士兵个人。
谭嗣同在《北游访学记》里这样写道自己多年后在南京城的见闻：
“顷来金陵,见满地荒寒现象。本地人言：发匪据城时，并未焚杀，百姓安堵如故。终以为彼叛匪也，故日盼官军之至，不料官军一破城，见人即杀，见屋即烧，子女玉帛，扫数悉入于湘军，而金陵永穷矣。至今父老言之，犹深愤恨。”
尽管如此，由于只针对少量城市进行屠杀，曾国藩直属的狭义湘军制造的人口损失数量仍然不算多，估计总共也就百万上下。太平军在攻陷武昌、南京之时，也对满城中的旗人进行过不分老幼的屠杀。湘军为满洲政权卖命，这种加倍报复还勉强可以称之为是古代战争的常见行为。
真正疯狂的其它湘军系军队也就是“广义湘军”的做法。曾国藩交给他们的任务是彻底摧毁太平军的后勤保障基础。这个战略由不担任主攻任务的其它湘军系军队、以及受曾国藩节制的各地绿营等其它清军承担。这就不是纪律差的问题，而是系统性的对长江中下游经济进行摧毁破坏。
胡林翼、李世忠、李鸿章等人是执行曾国藩毁灭性战略的代表。
胡林翼在书信中说，自己对麾下湘军的要求是：“见屋即烧，烧一屋则赏一次，无论是居民是贼馆。能募团局散人入，专管烧屋，则不过三五日，贼无驻足之地”；又说，(舒城)“得城之时，密派勇丁各持一炬，将城里大小房屋米粮付之一炬，片瓦不留，则异日必无贼可守矣。”（《胡林翼书牍》）
李世忠，就是前文提到过的给李秀成写劝降信的李昭寿，捻军出身，先当土匪，再投降清军，后投降太平军，然后又投降清军，打仗不行，烧杀抢掠是专业的，做人做事绝对没有任何底线。李世忠担任江南提督，统领自己的“豫字营”六七万人，在长江沿线无恶不作，甚至还跟其他清军为了争夺财物而出现火并，跟土匪没有任何区别。有一次，曾国荃的辖区也被他抢了，向曾国藩投诉说：“李世忠部下虐民十倍于贼，欲为百姓作不平之鸣。 ”曾国藩再三以忍让和顾全大局相劝。当时江浙等地清军将领，所作所为也大都与李世忠类似。
李鸿章的淮军也是这个战略的积极执行者之一。赵烈文《能静居日记》记载，在淮军征战江苏期间，从常州一直到松江，淮军“剽掠无虚日，杀人夺财，视为当然”，“乡间弥望无烟，耕者万分无一”、“房屋俱被兵勇占住或拆毁”。
——这便是曾国藩李鸿章版的“三光”政策，真正的烧光、杀光、抢光。这种彻底的经济破坏，比直接屠城恐怖百倍，让江南地区人民大量饿死。这是造成江苏等地人口迅速下降的主要原因。
谭嗣同的《北游访学记》也记述湘军系军队在东南各省份的烧杀掳掠：
“湘军以戮民为义，城邑一经湘军之所谓克复，借搜缉捕盗为名，无良莠皆膏之于锋刃，乘势淫虏焚掠，无所不止，卷东南数省之精髓，悉数入于湘军，或至逾三四十年，无能恢复其元气。”
苏州城内的太平军是经过和平谈判投降的。谈判的中间人是常胜军首领戈登。但李鸿章在接受投降以后，认为苏州城中太平军数量太多，难以消化控制。而且如果和平受降，淮军将领们就没有借口劫掠这些财富。于是，李鸿章出尔反尔，先将城中八王召集起来杀掉，然后纵兵屠杀苏州城中军民。城内数万太平军尽数被杀，连带遭殃的还有无数的无辜百姓，城内财富被淮军洗劫一空。
1865年，西方的商人在《上海之友》中刊登了一篇文章记载说，苏州被清军攻破前，苏州一带非常繁华，当地的农民们像蜜蜂一样辛苦地劳动，运河的两旁，密密麻麻的房子。苏州被清军再次攻破后，一眼望去，只看得到破桥断壁，见不到人影，群众见到清军就如同见到豺狼虎豹一样，苏州通往无锡的路上，遍地荒芜，荆草漫生……沿途布满了数不清的白骨骷髅和半腐烂的尸体，使人望而生畏。
李鸿章这种卑鄙残忍的手段激怒了戈登。他感到自己的荣誉受到了侮辱，因为和平招降这个事情是经过他担保的。听到苏州杀降的消息，戈登气得拿着枪要去军营中找李鸿章决斗。李鸿章吓得不敢出来。戈登咽不下这口气，威胁要将苏州城再还给太平天国，甚至扬言还要率部加入太平军，反过来攻打淮军。
一时间，“苏州杀降”成为大热话题，上海、香港洋人舆情汹涌，各国驻上海领事馆官员纷纷表态，“无保留地谴责抚台(李鸿章)最近在苏州的举措，是违背人性的极其严重的背信弃义行为！”
清廷得知了苏州杀降事件，大为震惊。不是震惊李鸿章杀降屠城，而是震惊戈登等人怎么如此不讲道理，把这么一件小事儿搞成外交事件。曾国藩上书力挺李鸿章，认为其所作并无不妥，赞扬其 “眼明手辣”、“最快人意”，又说“此间近事，惟李少荃在苏州杀降王八人最快人意””。朝廷下旨把李鸿章表扬了一番，让他放宽心，“所办并无不合”，“甚为允协”。最后，李鸿章连个公开道歉都没有，只在上海的报纸上登了个声明，说苏州杀降是清军内部决策，跟戈登无关，以“照顾”戈登的荣誉。
在这个过程中，列强政府碍于舆论压力，嘴上也跟着谴责了几句，但并未施加任何正式的外交压力要求惩罚李鸿章。对列强而言，中国人杀中国人与他们毫无关系，他们只支持能更好保护他们在中国殖民利益的一方。戈登的抗议是其个人行为，主要也是维护自己的“荣誉”而不是同情苏州军民。英国政府一边公开谴责苏州杀降，一边派新上任的中国海关总司赫德亲自去找戈登谈判，要求戈登息事宁人。
最终，经赫德撮合，李鸿章给了“常胜军”七万银元的军费，又给了戈登个人一万两银子，事情摆平。
除了直接为战争服务的屠杀以外，清朝的司法行政体系也在一天不停的疯狂杀人。大屠杀也并不仅限于长江中下游的太平天国占领区。当时，受太平天国革命的鼓舞，全国各地都掀起了反抗清朝反动统治的起义热潮。各地政府也就都在日夜不停的杀人以镇压这些反抗。
最有名的是发生在广东地区的屠杀，其中的广州大屠杀因为有外国媒体报道而变得广为人知。
1854年夏天，广东地区爆发天地会起义，多路天地会义军围攻广州城。广州依靠殖民列强的支持，从海上获得大量补给。天地会起义军长期无法攻克，最终在围城数月以后散去。
起义军从广州撤退后，叶名琛开始大肆屠杀。
在此期间，留美归国的容闳在广州考察，其住处距离刑场很近，他亲眼目睹了刑场的血腥：
“场中流血成渠，道旁无首之尸纵横遍地。盖以杀戮过众，不及掩埋……地上之土，吸血既饱，皆作赭色。余血盈科而进，汇为污池。空气中毒菌之弥漫，殆不可以言语形容。”
容闳说叶名琛杀人，“不讯口供，捕得即杀，有如牛羊之入屠肆”。从广州府的审判记录来看，广州府临时公堂从四月中旬开始的两个月间，审理了35097名犯人，判处死刑30806人，另外还有死于狱中的2225人，实际处死率高达94%。 而当时广州城内还有其它审案局也在按照同样的效率杀人。英国广州领事将其称之为“人类信史所记载，在规模和方式上最骇人的处决之一”。
根据容闳的记录，这个夏天，广州杀了七万五千多人。叶名琛后来的自述则说是杀了十多万人。
不过，这只是整个广东屠杀的一小部分。根据黄宇和院士在《两广总督叶名琛》中的考证，只有在广州附近被抓获的或者有情报价值的犯人才会被押送到广州审判，绝大部分死刑都是在府县自行审决的。比如广州北边的韶州府，就有自己的法庭，只将有战略意义的俘虏送往广州。而距离广州更远的潮州则完全自行审理。
杀人之权不仅州府有，还被进一步下放到了县和乡村。韶州府报告，由于犯人太多，根本来不及审理，许多犯人都被发往原籍所在的县审理。一位知县向叶名琛报告，他在上任的十五个月内就抓了一万多造反者，并杀了其中的8757人，另外还有468人在审判之前死在了牢房里。而广州当时有八十多个县，县这一级所杀之人当不少于五十万。
但县里杀人的速度还是跟不上镇压的需要，叶名琛进一步把杀人之权下放。由诸多村落士绅们联合组成的“社学”或“公局”作为执法机构也在大量杀人。黄宇和院士找到了一份资料，显示由三十二村组织的“同仁社学”在起义期间也在受命就地处决起义嫌犯，事后只需要把死者的耳朵送到广州作为备案登记即可。
初步估算，为了镇压1854年的天地会起义，在1854-1855年不到两年的时间内，广东省、府、县、乡各级通过审理杀人的数量，就在百万左右。更不要说战争中的杀伤以及军队劫掠造成的人口损失了。而这只是广东一省。
在太平天国后期，清军还雇佣了很多海盗参加与太平军的战斗，扬言上交一个人头奖励6块大洋。起初，这些海盗只是在附近的码头上杀人，整个码头上堆满了人头，后来清朝的官员把屠场移到郊外一英里处，两天的时间，就砍下了2000多个人头。
与清军勾结的外国军队在中国的劫掠屠杀，也跟海盗差不多。美国历史学家裴士锋在《天国之秋》中说 “（英法联军的）行径使清军的残暴如同小儿科”。他以1960年9月的一次太平军进攻为例：法军为了防止太平军利用上海城厢一带的房屋进行隐蔽和巷战，干脆把城厢地区的房屋焚毁一空，并在“该地守法居民中间疯狂的横冲直撞，不分青红皂白的杀掉男女小孩……这些残暴的强盗毫无顾忌的强奸女人、洗劫房舍”。据一位目击者估计，仅仅这一次行动，就造成数以万记的中国人无家可归。 这些逃过杀戮但丧失家园和生计的人们大部分只会在辗转流浪中绝望的死去。
在防御的时候烧杀一次——坚壁清野；逃跑的时候烧杀一次——不给太平军留下财富和人口；反攻的时候再烧杀一次——以清理残余叛匪为名劫掠民财，是清军在江浙地区跟太平军作战的常规套路。一个地区只要经过一次清军与太平军的反复拉锯，基本上就会从繁华富裕之地变成废墟和荒原。
在整个太平天国起义期间，满清政权就好像一辆开足了马力的庞大杀人机器，从上到下密切配合，在全国范围内通过屠城、经济破坏、司法处决、勾结海盗和外国军队等众多方式疯狂杀戮中国人民，持续十多年。这才造成人口损失超过五千万甚至高达一个亿的巨大悲剧。
这个悲剧，是满洲的野蛮和理学士大夫的疯狂共同造成的。
即使是在中国古代，镇压人民反抗也并不会采取如此残酷的大规模屠杀。反动阶级对待人民起义总是很凶残，但凶残到清军镇压太平天国这种程度的，在中华帝国历史上还是头一回。我们在第一卷《帝制与盛世》里边讲的明宪宗时期镇压荆襄地区大起义，只对少数造反头目残酷杀害，而且还要上报到中央由皇帝亲自下令处决，根本不存在地方政府或军事将领自己审判并处决叛乱分子的情况。大部分起义的参与者都平安无事。后来荆襄地区多次叛乱，朝廷终于下定决心从根本上解决问题，但也从没考虑过大规模杀掉一批不稳定分子，而是安排将荆襄地区的无业游民大规模迁移回到原籍。在这个过程中，因为驱赶人民导致沿途大量死亡，执行者项忠就遭到了从地方到中央无数官员的弹劾，气得要辞职。本书第二卷《变法与党争》里记录宋朝的士大夫利用酷刑残杀投降的起义军领袖，但也只是杀掉少数领袖人物，其规模跟曾国藩、李鸿章比起来如同小儿科。
明末农民大起义，中央政府的政策也一直是尽量招降。崇祯皇帝总是说：这些人都是朕的赤子，吃不饱饭才造反，能招抚尽量招抚。李自成张献忠等人都有过投降明军的记录，张献忠还投降了不止一次，明廷都没有杀降，而是到处给他们找地方安置，给土地耕种、给财政补贴，希望他们不再造反，想要和平解决问题。一直到明朝灭亡，明军虽然纪律败坏，将领虽然腐败无能，却始终没有对起义军占领过的城市执行过屠城或者大规模杀降的记录，明廷也没有制定过对起义军占领区进行坚壁清野的破坏战略。“不杀降、不屠城”是交战双方都默认遵循的作战规则，这是中原民族整体文明程度达到较高水准的体现。
再往远了看。东汉末年，曹操镇压黄巾起义，抓到俘虏，老弱妇糼者令其归农，精壮者组成一军，号为青州兵，不但没杀一个，反而给予出路。其文明程度也比清军高出太多。
所以，不是说中国古代王朝都跟清王朝一个德性，一遇到反抗就想的是赶紧杀光一切有潜在反抗意识的人，永绝后患。中国古代中原文明下成长起来的政治军事精英们，对人类生命的尊重程度要远远高于满洲。只有在清朝，官员将领们才会像曾国藩、李鸿章、叶名琛等人那样在奏章里边赤裸裸的大肆吹嘘自己如何纵兵屠城、劫掠财富、杀人无数，以此来表功乞赏。因为他们都知道，这是清廷公开鼓励的做法。在很多其它朝代，尽管这些暴行也肯定存在，但至少官员将领们知道这是严重的罪行，在公文中极力掩饰，抹去各种过度杀戮抢劫的痕迹。
——来自《晚清六十年的革命与改良（1851-1912）》