物理芝士数学酱
26-05-22 14:18 微博认证:科学科普博主 微博原创视频博主

#今天要来点生物学吗?#

细胞里到底有多挤?一个简单公式告诉你

很多人第一次学化学时,对“浓度”其实没有真正直觉。

什么是:

1 mol/L
100 mM
微摩尔
纳摩尔

这些单位看起来都很抽象。它们像是实验室里的数字,而不是一个真实世界。

但生物物理学里有一个非常漂亮的小公式,可以把“浓度”直接翻译成:分子之间大约隔多远。

而且它几乎只需要初中数学。

从一个立方体开始

假设某种分子均匀分布在细胞中。

我们做一个简单想象:

把整个细胞切成很多小立方体,每个立方体中央放一个分子。

设:

每个小立方体边长为 d
整个细胞体积为 V
分子总数为 N

那么:

每个小立方体体积就是:

d^3

而整个细胞由 N 个这样的小盒子组成,因此:

V = N d^3

于是:

d^3 = V / N

但:

N / V

其实就是浓度(准确说是数密度)。

记作c

那么d=c^(-1/3)

这就是答案。

这个公式到底意味着什么?

如果你知道一种分子的浓度,你就能估计它们彼此之间典型相隔多远。

注意,这里的 d 并不是严格意义上的“最近邻距离”。

它更像每个分子平均占据的空间尺度。

但对于建立直觉来说,这已经极其有用。

来算一个真实例子:谷氨酸。

谷氨酸(glutamate)是细胞里非常常见的小分子。

假设它浓度约为100 mM即0.1 mol/L

乘上阿伏伽德罗常数之后,可以得到:

c ≈ 6.0 × 10^25 m^(-3)

然后代入d= c^(-1/3)

得d ≈ 2.55 nm

一个谷氨酸分子,平均只离邻居约2.5纳米。所以细胞比你想象得拥挤得多

2.5 纳米其实非常小。

作为对比:

对象 尺寸
水分子 ~0.3 nm
ATP ~1 nm
小蛋白 3–10 nm
核糖体 20–30 nm

也就是说在细胞里,小分子之间往往已经挤到接近蛋白质尺度。

这和很多人的直觉完全不同。

我们常常把细胞想象成“一个稀薄的水球”。但真实细胞内部更像:

拥挤的地铁车厢
纳米尺度的城市
到处都是大分子、膜、RNA 和蛋白质

分子并不是在无限空旷的水中自由漂浮。它们几乎时时刻刻都在碰撞。生物化学并不发生在“真空”里。

细胞内部的拥挤会影响:

扩散速度
反应速率
蛋白折叠
分子结合
相分离(phase separation)

现代生物物理里甚至有一个专门术语:

macromolecular crowding,即“大分子拥挤效应”。

很多经典教科书里的反应模型,默认体系是“理想稀溶液”。

但真实细胞离这种理想状态非常远。

发布于 黑龙江