徐学功二十二岁，乌鲁木齐沦陷，他逃入山中，收集二十人，开始作战。队伍收集各路难民，迅速发展壮大，最多发展到五千多人。

徐学功身处天山北麓，这里仅有的清军基本在叛乱开始就被屠戮一空，很长时间里，他既没有任何外来补给，也没法得到清军的支持，甚至没法取得实质性联系，真正身处敌后。但这种情况下，徐学功主动承担大量最艰难也最危险的战斗，不计得失，不怕危险，有效支援各路友军。

他善于发现敌人弱点，敢于敢虎口夺食的事。妥明发起巴里坤之战，主力进攻巴里坤，仅存成编制清军危急时候，徐学功果断意识到妥明主力东进，硬是率军攻打其大本营乌鲁木齐。一招围魏救赵，逼迫正在巴里坤的叛军主力立刻回援，解救了前线危急（这是与巴里坤清军完全没有联系情况下自发做出的行动）。

他还善于根据形势，寻找最适合自己的战术。他知道自己民团部队战斗力差于妥明叛军，于是长期在乌鲁木齐到石城子等地途中袭扰，敌进我退，敌疲我打，让对方的大部队往往疲于奔命，但追剿效果很差。反倒其往往趁对方防备不足时候快速出击，在妥明部连续攻打巴里坤时，不断在背后袭击，有效牵制了叛军马泰和马仲两支部队，并先后阵斩对方马占奎、马全、马生福三个元帅。

他非常具备综合统筹能力。新疆大乱后，就快速到各个混乱地设法带走尽可能多的官府和大户存粮，后来又在天山北麓一些地方设法屯田，在长期孤军情况下，硬是没有被饥饿打垮。

他大局观好，善于组织。在哈密帮办大臣景廉到来后深入一线后，他联系上清军，并协调各路民团和清军一起作战。景廉第一次攻打乌鲁木齐之战，就是徐学功实际联系各部合作的。

攻打阿古柏盘踞的乌鲁木齐不克后，清军和大量民团都东撤，因为清军大本营巴里坤在东边，东撤至少安全保障。但徐学功主动西撤，他认为即便没打下乌鲁木齐，也得伏击回救的阿古柏军。

结果徐学功部五百人，在仓房沟本想伏击回救的马仲（已成为阿古柏部下）主力，结果发现马仲部居然几千人之多。这种情况下，徐学功告诉弟弟徐学策，此时敌众我寡，又只相隔一桥，一旦逃跑，被敌人发现，就会被全灭。所以只能自己带少数人突然杀过去，才能败中求胜。徐学功交待弟弟，自己如果过去后敌军大乱，说明袭击成功，弟弟就带人一起杀过去；如果没有，自己就死定了，弟弟一定趁机带其他人逃跑，保存实力。

于是徐学功突然冲过桥，迎着敌军弓箭，杀入阵中，擒获了主帅马仲。叛军大乱，徐学策趁机追杀，叛乱死亡五百多人，主帅马仲被抓回斩首。

这种表现，堪比关云长斩颜良了。

除此以外，徐学功对于形势变化也非常敏感，能意识到不同时期谁是主要敌人，谁可以统战。妥明在北疆暴虐，阿古柏还不敢提出分裂新疆时候，徐学功跟阿古柏有限配合支持其攻打妥明；阿古柏原形毕露，徐学功果断攻打阿古柏，且联合已经势弱的妥明，甚至直接负责民团和回军一起与阿古柏作战；沙俄进入，他敏锐意识到其意图，赶走沙俄间谍。

徐学功坚持战斗十几年，后被景廉收编为振武营，但依然大部分时候在西部单独作战。在长期战斗中，徐学功家族付出巨大牺牲，家产被阿古柏摧毁，七个兄弟先后全部牺牲。一直等到左宗棠大军主力，才赢得新疆的收复。

徐学功活到了1912年，在民国元年去世。他后半生一直在新疆担任各种军职，努力捍卫国家统一。