​​​​​​​总分机构被查补企业所得税应关注这两点
一、总分机构的企业所得税由哪个税务机关实施税务检查？
根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十七条第一款规定，总机构所在地主管税务机关应加强对汇总纳税企业申报缴纳企业所得税的管理，可以对企业自行实施税务检查，也可以与二级分支机构所在地主管税务机关联合实施税务检查。
二、总分机构被查补的企业所得税及罚款、滞纳金如何缴纳？
根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十七条第二、三、四款规定，总机构所在地主管税务机关应对查实项目按照《中华人民共和国企业所得税法》的规定统一计算查增的应纳税所得额和应纳税额。
总机构应将查补所得税款（包括滞纳金、罚款，下同）的50%按照本办法第十五条规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构（不包括本办法第五条规定的分支机构）缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库；50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。具体的税款缴库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和总机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，各分支机构也应向其所在地主管税务机关报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
第十五条规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。

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