1998年的特大洪水主要是由气候异常引发的。受超强厄尔尼诺现象影响，当年夏季西太平洋副热带高压位置偏南、偏西且异常稳定，导致冷暖空气在长江流域持续交汇，形成了罕见的“梅雨”和“秋雨”叠加现象。
此次洪水呈现出几个显著特点：一是持续时间长，长江中下游干流高水位持续长达两个多月；二是洪峰次数多，长江上游连续出现8次洪峰，且中下游支流如松花江、嫩江也同步爆发特大洪水，形成“两江同涨”的罕见局面；三是水位极高，长江中下游干流多处河段水位突破历史最高纪录。
这场洪水波及范围广、破坏力极强，全国共有29个省（自治区、直辖市）遭受不同程度的洪涝灾害。据统计，全国受灾人口高达2.23亿人，紧急转移安置1800多万人，因灾死亡4150人（其中大部分为长江流域受灾群众），直接经济损失高达1660亿元人民币。长江中下游的湖南、湖北、江西、安徽等省份是重灾区，大量农田被淹，房屋倒塌，交通、通信等基础设施遭到严重破坏。