张仲景并未运用后世成熟形态的脏腑辨证，脏腑辨证真正走向体系成熟，是在明清时期。《金匮要略》严格来说，并非以后世成型的脏腑辨证作为全书纲领。同样，张仲景原文也没有“六经辨证”这一名称，书中所用乃是三阴三阳辨证，其根基归属于阴阳辨证体系，同时涵纳病位、病势的判断。
后世普遍认为《伤寒论》的体系即是六经辨证，《金匮要略》的体系即是脏腑辨证，成因有二：一是后人习惯于把散乱的临床材料整理成相对稳定的理论模型；二是对《金匮要略》第一篇《脏腑经络先后病脉证第一》存在一定的放大式误读。
大学教材将《伤寒论》归纳归入“六经辨证”，将《金匮要略》归入“脏腑辨证”，很大程度上是为方便教学搭建起来的“教学脚手架”，虽看起来便于初学者学习，但并不完全等同于仲景著书时原本的思维框架。甚至有可能带偏中医学子，成为大家障目的树叶。
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