《慈悲三昧水忏》主要是忏悔三种障——烦恼障、业障、果报障，但是想灭这三种障碍，必须生起七种心：

生大惭愧心：我与释迦如来，同为凡夫，今世尊成道以来，已经劫数，我犹轮转生死，无有出期，以此为惭愧也。

恐怖心：我等凡夫身口意之业，常与罪相应，以此因缘，命终之后，应堕于地狱畜生饿鬼，受无量之苦，以此为恐怖也。

厌离心：我等于生死之中，虚假不实，如水上之泡，速起速灭，往来流转犹如车轮。此身为众苦所集，一切皆不净，以此为厌离也。

发菩提心：欲得如来之身者，当发菩堤心，救度众生，身命财无所吝惜也。

怨亲平等心：于一切众生，无冤无亲，起慈悲，无彼我之相，平等救度，以此心为忏也。

念报佛恩心：如来往昔在无量劫中为我等故，修诸苦行，如此恩德，实难酬报，须于此世，勇猛精进，不惜身命，广度众生入于正觉，以此为念也。

观罪性空心：罪性本空，无有实体，但从因缘颠倒而生。可知罪之性，非内外，非中间，本来为空，故罪亦无有，以此为观也。