曾国藩是湘军的首领，对于湘军所作所为同样感到震惊，后来在奏折中说：湘军“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河，尸首如麻”，“城内自伪宫逆府以及民房，悉付一炷”，“万室焚烧，百物荡尽，而贡院幸存”，“自五代以来，生灵涂炭，殆无愈于今日”。
曾国藩的幕僚赵烈文随湘军进入南京城中，在日记中记述了自己的所见所闻：“沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四方”；南京城内火光四起，“贼（太平军）所焚者十之三，兵（湘军）所焚者十之七，烟起数十道，屯结空中不散，如夹山绛紫色”；湘军肆意抢掠，“贪掠夺，颇乱伍。中军各勇留营者皆去搜括，甚至各棚厮役皆去，担货相属于道”，“人人足于财，十万以上货，殆百数”。