于2026年国庆前开通的南京地铁6号线，起于南京南站，终于栖霞山站，是南京地铁线网中市区线南北向辅助线。其中6号线本线32.4公里，与S1号线全部贯通运行，与S7号线有部分直达车次，最大运营里程98.4公里（32.4+35.8+30.2）。和主城区同为6A编组的南北走向线路1、3、5号线相比，使用6B编组的6号线显得比较“次要”，但贯通S1号线以及经过南京南站等因素让6号线一开通便获得了日均客流30万的好成绩。

说起6号线历史，不得不提环线6号线的规划，因2006年集庆门大街站施工事故，环线计划被迫取消，原环线被拆分成2、6、9、S3号线的一部分，现在的6号线即原环线6号线的东半环。此外，地铁2号线明故宫站建设时给环线6号线的预留因文保原因废弃，现6号线明故宫站台采用暗挖深埋，最大深度39米，地下五层，两个圆形断面的站台层和数量惊人的电梯成为该站的特色。

南京地铁6号线是继无锡1号线/S1线、苏州3号线/11号线后，江苏省内第三条与市域线贯通运营的市区地铁线路。南京6号线在规划初期便将与市域S1号线（机场线）贯通运营作为目标，并在后续土建和运营标准上与S1号线相匹配（6B编组的列车选型、最高100的列车速度、相互匹配的信号系统等），在主城区无需换乘便能丝滑到达禄口机场和沿线的江宁、溧水等近郊远郊地区。规划中的南京地铁8号线也计划与马鞍山的S2号线在中华门站实现贯通运营。