丹江口水库位于汉江中上游（跨湖北省十堰市与河南省南阳市淅川县），是亚洲人工淡水湖之一，也是所谓“南水北调”中线工程的核心水源地。它的建设是一部深刻的区域社会变迁与移民史。水库蓄水后，古均州城（今湖北丹江口市境内）、千年古刹及淅川县的大片古迹与村落沉入水底（如均州古城、武当山部分山麓古建筑群等）。古均州城与淅川县古迹的淹没，是丹江口水库建设史上最令人唏嘘的一页人文沧桑。

1967年至1970年前后一期工程蓄水（水库水位升至157米高程）时，汉江与丹江交汇处的这片古老土地被彻底重塑。无数深厚的历史文化遗产与繁华古镇，永远潜入了碧波之下。均州（后改均县，即今湖北丹江口市前身）自秦汉置县、隋唐设州以来，一直是汉江中游的政治、经济与文化重镇，素有“纸均州”和“水陆交汇之要冲”的美誉。均州古城依汉江而建，城墙高大坚固，城内街巷纵横，商铺林立。古城拥有完美的明清建筑格局，城内有沧浪亭、遇真宫、净乐宫等极具历史价值的建筑。均州城因作为武当山道教文化的前哨和进香门户，建筑规制极高，民间曾有“朝武当，先朝均州”的说法。1967年库区开始蓄水前，均州城进行了大规模拆迁与抢救性搬迁，随后城垣、官署、民居及数千年积累的街市彻底沉入水底。

武当山作为明代“皇室家庙”，古建筑群规模宏大。丹江口水库蓄水淹没线（157米高程）直接触及了武当山山麓的数处核心建筑。净乐宫建于明永乐十五年（1417年），是明成祖朱棣敕建的武当山九宫八观之首，规制宏大，被称为“皇家第一宫”。1958年蓄水前夕，由于无法整体保留，当局对净乐宫进行了抢救性拆卸。其中极其珍贵的明代巨型赑崋御碑（两座重达数百吨的石碑及碑亭）以及部分木石构件被整体编号保存，浮运至高处。直到2001年，净乐宫才在丹江口市郊的净乐宫复建区（今三官殿）得以异地重建。

遇真宫位于武当山麓，一期蓄水时水面已逼近其门前。2011年，在南水北调中线大坝加高（蓄水位升至170米）工程中，为了避免遇真宫被淹没，当局耗巨资实施了遇真宫抬升工程——利用千斤顶将重达数千吨的遇真宫山门及东西宫门原址向上顶升了15米，被当局称为世界古建筑保护史上的奇迹。

丹江口水库库区有相当大一部分位于河南省南阳市淅川县（丹江流域）。淅川是楚文化的重要发祥地之一，蓄水导致淅川失去了一大批极其珍贵的古历史遗存。淅川县老县城（李官桥镇附近）、淅川古楚国都城遗址（丹阳古城）及周边数十个历史悠久的集镇村落被淹没。蓄水前夕及后续考古中，抢救性掘出了震惊中外的淅川下寺楚墓（出土了国家级文物“云纹铜禁”、淅川子犯编钟等绝世青铜器），证实了该区域作为春秋战国时期楚国早期政治中心的地位。淅川境内的千年古刹香严寺（唐代国师慧忠禅师道场）因位于较高的山腰而免于被淹，但其山脚下的许多附属古迹、古码头和寺田均沉入水底。

如今，在水质清澈的丹江口水库水下，均州古城的石砌城墙、古街道基石、断壁残垣依然完整地卧于数十米深的水底。随着水下摄影与多波束测深技术的发展，近年来不少水下摄影师与考古团队曾潜入均州古城遗址，拍摄到了淹没半个多世纪的古城门、石牌坊和街道轮廓。