东汉的尚书台机构更加完备。虽然仍属于少府寺之下，但在该寺下辖的十几个长官称“令”的二级机构中，唯有尚书令品秩千石，其余令均为六百石。光武帝、明帝明显加重了尚书台的工作职责，摒弃了“领尚书事”这样的辅臣的位置，使得尚书台的工作性质回到了霍光之前的状态，即为皇帝服务，不再为权臣服务。皇帝本人亲总吏职，尚书台是其办事机构，皇帝相当于“兼任”录尚书事。东汉末年的仲长统《昌言·法诫篇》是这样说的：
光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已。
从《后汉书》志26《百官志三》到《晋书》卷24《职官志》的叙事中，我们可以看到一个明显的事实，丞相府、三公府的记载非常简略，而尚书令及其以下机构越来越庞大、治事越来越具体。从汉成帝分尚书为四曹，到东汉光武帝分为六曹，增置吏员，尚书台置令、仆射各一人，下设尚书六人，分管六曹事务，合称“八座”。下统三十六郎即三十六个科室分工莅职，尚书台的机构逐渐完善。至于三公，名义上很尊崇，却无实权，事归台阁，三公备员而已。勤政强势的皇帝，不愿意有一位权力很大的宰辅。