清军在明末清初对人民的大规模屠杀，从1619年萨尔浒之战后占领辽东地区开始，一直到1681年康熙镇压“三藩之乱”为止，持续了大约六十年。对此，杜车别的《明末清初人口变动研究》和我的《巨变与突围：碰撞中的清帝国》都引用了许多史料加以分析。其主要的屠杀行动可以分为那么几个大的阶段：
1.“辽东杀”
征服辽东之后，努尔哈赤颁布“圈地令”，剥夺大量辽民的土地归满人所有，建立田庄，将无数辽民变为庄丁——实际上就是农奴。习惯于自由耕作的辽民不堪忍受，不停的奋起反抗或者逃亡。努尔哈赤不断下令进行屠杀。
1623年六月，努尔哈赤听说复州汉民人数增加，和明朝“派来之奸细”暗通书信，准备叛逃，便派遣大贝勒代善等率兵两万前往.，将男人全部杀光，带回大量子女、牲畜。
1624年正月，努尔哈赤连下九次汗谕，遣派大批八旗官兵，查量汉民粮谷，凡每人有谷不及五金斗的，定为“无谷之人”。努尔哈赤认为“无谷之人”对生产粮食贡献不够，活着就是在浪费粮食，于正月二十七日下令将这些人全部杀掉。
1625年十月，努尔哈赤再次下达长谕，指责汉民“窝藏奸细，接受札付，叛逃不绝”，历数镇江、长山岛、川城，耀州、鞍山、海州、金州等地汉民武装反抗事例，宣布要斩杀叛逃之人。他命令八旗贝勒和总兵官以下备御以上官将，带领士卒，各去自己辖属的村庄，凡系抗金者，一律处死。各将遵令，“分路去，逢村堡，即下马斩杀”。
经过持续多年的多次反复屠杀，辽东汉民几乎死亡殆尽。萨尔浒之战前辽东人口大约一千万，逃亡了约两三百万，杜车别估计辽东屠杀数量在四百万左右。
2.“入塞杀”
辽东汉民被屠杀太多，以至劳动力严重不足，后金境内出现了“粮荒”。袁崇焕杀掉毛文龙以后，没有后顾之忧的清兵开始不断绕道蒙古，从喜峰口等地攻入长城以内，沿途不断的屠杀和劫掠人口，让河北山东等地为之一空。比较惨重的包括崇祯十二年攻克济南，屠杀约一百万人；崇祯十五年攻克临清，屠杀约八十万人。
这里面有一个鲜明的对比，就是赵州，先后被李自成的军队和清军攻克过。根据明朝官方报告，起义军攻克之后的情况是“流寇犯赵，举人李让等死焉”——杀了以举人李让为代表的那么几个人；而清军攻克赵州之后的情况是“虏破之余，城内士民不满三百”——杀得还剩不到三百人，有名有姓可查的死者两万五千二百多，被掳走的四千八百多，还有一些寄居、旅居没有登记的人口死亡无法统计。
屠城之所以是普遍现象，直接原因就是清军有“守城必屠”的军规。攻城的时候只要敌方不投降，那么攻克以后一定屠城，以此制造威慑力。屠城对清军而言不是“泄愤”，也不是“习惯”，而是“军事纪律”。如《清实录》记载，顺治五年（1649年）郑亲王济尔哈朗南征的时候，圣旨就命他：“抗拒不顺者，戮之；不得以而后降者，杀无赦。” 这就是军令，不是下令屠某一个城，而是一个原则性的军事纪律。后来济尔哈朗在湖南屠城，就是依据的这个军令。
这也是北方野蛮民族的老规矩，成吉思汗时代就是这么干的。不过，清军所屠的并不限于城，乡村地区照样进行无差别屠杀；而且投降的也不一定不屠，比如河北永平城，虽然投降了，但后来明军打过来清军不打算守卫，临走之前还是屠了城再走的，为的是不给明朝保留人口资源。
在1644年从山海关入关之前，清军共有六次越过长城入塞杀掠，其中大规模劫掠人口的有四次，累计劫掠人口超过一百多万。根据赵州屠城和劫掠人口的数据，劫掠数和屠杀数大约为1:6。则这四次入塞屠杀和劫掠人口就在八百万左右。另外两次没有劫掠人口的数据，但沿途诸多地方也被屠城烧杀。每次人口损失就算只有一百万。清军入塞所造成的人口损失也在一千万以上。
（入塞后主要屠城事件见图一）
3. “南征杀”
清军入关占领北京后不久即南下，进入中国经济最发达人口最密集的江南地区，照样守城必屠。
“南征杀”主要是三个阶段。首先大开杀戒的就是扬州城，也即著名的“扬州十日”，杀了大约八十万人。后来清军统帅多铎以此屠杀来威慑南京官员百姓，在《谕南京等处文武官员人等》中说：“天兵至维扬……官员终于抗命，然后攻城屠戮……嗣后大兵到处，官员军民抗拒不降，维扬可鉴。”《清顺治实录》中也记载，扬州城破以后，“其据城逆命者，并诛之”。南京后来开城投降，避免了被屠城的命运。
占领南京以后，满清统一中国的优势已经十分明显，很多地方望风而降。清政府有望以相对比较和平的方式实现改朝换代。但当时掌权的摄政王多尔衮眼见军事征服进展顺利，得意忘形，悍然颁下“剃发令”，要求所有男人把大部分头发剃光，只保留后脑勺一根长长的小辫。从汉族的审美标准来看，极为难看。凡是不愿意剃头的，一律除以死刑。
“剃发令”在辽东地区就执行过，为的是区分哪些辽民真的屈服于满清的统治，哪些不愿意。当时就遭遇到了辽民的激烈反抗，“剃发令”的执行本身也导致了清军对辽民的多次屠杀。现在江南再次执行，江南地区的人民再次群起反抗——人民的反抗并不仅是为了保护自己的头发，而是无法接受清军仅仅因为留头发就要杀人的暴政。大部分起义者并不是因为自己被逼着剃头而造反，而是因为看到有很多人仅仅因为不剃头就被杀害而造反。清军也就掀起了第二阶段的屠城潮，著名的“嘉定三屠”和“江阴八十一日”就与人民反抗“剃发令”相关。
此后，南明各路抵抗军与清军在南方进行反复拉锯，江西、安徽、福建、广东等省份的城市也因此也因此被清军多次屠城，这是南征屠城的第三个阶段。
此类屠杀除了一般性的历史记录以外，还有部分残存的家谱可以为证。江阴范氏家族是当地大族，其族谱从第1世到第31世，历时九百多年，其中保留下来比较详细的是从第11世到第31世，几乎完整的涵盖了明清两个朝代。这个族谱里边把家族的所有男性的生卒年月都记录下来。根据族谱记录，其17、18世的男性有超过一半死于清军的江阴大屠杀.
（南征期间主要屠城事件见图二）
4.“平叛杀”
随着南方地区的抵抗日益激烈，北方那些原本投降满清的军事将领也趁机起事。这些人造反，很多因为是对清军入关以后，自己的地位、待遇没有得到保障，看见全国反清斗争掀起高潮，也就跟着造反。
比较典型的就是大同总兵姜瓖。1644年，李自成带兵从陕西出发攻打北京。起义军进入山西，攻克太原以后，姜瓖就投降了李自成。后来清军入关，他又杀掉起义军将领，将大同、朔州拱手让给满清。清廷任命他继续当大同总兵。
但是，1648年，多尔衮派遣英亲王阿济格坐镇大同，借口大同汉人拒绝剃头梳辫，成天动手杀人，对汉族官员更是视如奴仆，非打即骂，就连姜瓖也经常受到指责。阿济格贪财好色，经常抢掠富户，并到处物色美妙女子。有一次，一个有身份的新娘被阿济格的兵从轿中抢走，姜瓖亲自找他们要人，被撵打了出来。姜瓖不能再忍，勃然大怒，率亲兵到他府上见人就杀。吓的阿济格从城墙逃走。
姜瓖知道自己闯了乱子，迟早要灾祸加身，索性一不作二不休，准备反清。他接收了大同周边残存的明军，很快聚起数万人马。1649年，姜瓖在城门树起反清复明的大旗，自称平狄大将军，奉明正朔，易冠服，又在文庙里供起了明太祖朱元璋的神位。他在神位前首先带头拔剑割掉自己脑后的辫子，紧接着拉出几个满清的小官吏在孔子像前砍头祭天，公开造反。
清军围攻大同十个月后，才把大同攻克，然后就开始屠城。这次屠城的死亡人数应该在二十万以上。此外，朔州、浑源等跟随姜瓖反清的地方也都先后被被屠杀一空，根据《清世祖实录》记载，“顺治六年，大同、朔州、浑源三城，已经王师屠戮，人民不存”。这一波屠城的地方还有山西汾州、太谷、泌州、泽州等地，统称“汾州之屠”，大概屠杀了四十万人。
此外，还有一些地方势力响应姜瓖起事的，地方百姓也跟着遭到屠杀。比如陕西蒲县，根据《清世祖实录》记载，1649年满清“延安营参将”王永强响应姜瓖，反正归明，义军势力在陕北迅速扩大。满清调集陕西大军三路围剿，王永强战败殉国。蒲城居民固守不降，满清军破城后就大肆屠城，史称“蒲城之屠”。类似情况的还有山东曹州等。清军在镇压“三藩之乱”中的暴行，也属于此类。
5.“镇压杀”
除了地方军阀势力的叛乱以外，各地的老百姓也纷纷起义，反抗满清的残暴统治。这些起义与地方势力在战略上遥相呼应，但正义性更强。人民不是政治投机者，他们豁出命去反抗只是为了生存、自由和尊严。
清军入关以后，有三大暴政——剃发、圈地、追逃，均带有强烈的殖民色彩。
第一大暴政：“剃发令”。它是典型的文化殖民政策。这是最可怕的暴政，杀的人最多，激起的反抗也最多，不论南方北方都有大量暴动都因此而起；
第二大暴政：圈地。满人可以随意圈占汉人的土地，把土地上的汉人赶走或者变为奴隶。这个政策主要在北方执行，特别是北京周边地区，累计圈占土地超过一千万亩，在河北山东等地激起了无数的民变；
第三大暴政：追捕逃人法。清军入塞期间从河北山东等地掳掠了大量人口，把他们变为奴隶，而且子子孙孙将世代为奴。这些奴隶的生活极其悲惨，在康熙初年，朝廷统计，每年八旗奴隶因不堪凌辱而自杀的数量就超过两千人。习惯于自由民生活方式的汉人无法忍受，不断逃亡。清军入关后，这些奴隶跟随主人回到华北故土，逃亡更多。顺治三年，只几个月之间，朝廷就接到数万奴隶的逃亡报告。
满人对自己的“财产损失”极为不满，清廷遂把追捕逃奴作为“第一要务”，专门在兵部而不是刑部设立缉拿逃人司，负责追捕逃人，由专职副部长（侍郎）主管。对逃走的奴隶一般是打三十大板然后归还给主人，只有连续三次逃走后被抓住才会处死，而对窝藏逃人的则一律处死。因为奴隶是主人的财产，如果追捕到就给杀了对主人不利。追捕逃人的株连方法极为残暴，只要逃人在逃亡途中给过他饭吃或提供过住宿的，都算窝藏，其邻里也要被连坐。所为“一丁缉获，必牵一二十家，甚则五六十人”。到了顺治十四年，竟然出现每年处决的重刑犯，有一半是因为窝藏逃奴的情况。连投降清廷的汉奸藩王耿仲明，都因为窝藏逃人而畏罪自杀。这一暴政同样在北方地区激起了无数的人民反抗。
除了李自成死后的大顺军余部和张献忠死后的大西军余部以外，全国各地各种人民反清起义风起云涌，几乎是无一乡无起义、无一年无暴动。但由于规模太小而且分散，都被很快镇压。在镇压以后，清军也都毫不留情的在抗暴地区进行无差别屠杀。就屠杀人数而言，这个部分的数量应该是最大的，比前面所讲的诸多屠城事件高出许多。但因为都是持续不断的小规模战斗，遭到屠杀的往往是一些偏远乡镇，记录十分零散。所受的关注度一直不高。
记录这些天量小规模镇压屠杀的史料，主要集中在《明清史料》之中。《明清史料》全称是《国立中央研究院历史语言研究所编刊明清内阁大库残余档案》，是第一手档案。目前已经整理出版的总共有十编之多。每编共有十本，每本一百页，每编一千页。但这只是经历过晚清战乱特别是英法联军、八国联军攻占北京大肆焚烧劫掠后剩下的残余档案，原始档案数量应该是残篇的数百倍乃至上千倍。
要在这么多档案中将几乎每个月乃至每一天都在发生的屠杀行径整理出来，需要的工作量极大。目前还没有人完整的做过这个工作。杜车别在《明末清初人口数量减少之谜》中，对已经出版的部分中大约两千页的记录做了梳理和部分摘录。这大概也就相当于清朝官员和统治者自己记录的顺治年间的屠杀罪行，也就只能占据其整个罪行的万分之一二的比例。但即便如此，也已经非常骇人了。
据杜车别书中所载，《明清档案》中有关的记录大概是这样子的，比如，顺治三年一月十日的《江宁巡按毛九华揭帖》说：“江宁城外，九十余村，有王壒、孙壒、金牛六塘、聂村、陶村、邓村、龙都八村借练乡兵为名，敢犯天兵、遂经剿洗。”
这个揭帖，就是顺治三年（1646年）一月江宁巡抚向皇帝报告，最近南京城外有八个村庄的人民起来造反，被镇压之后屠杀一空。
顺治五年山东的曹县反清大起义，由李洪基，李化鲸等人领导，拥立明朝宗室，立年号为天正。这次起义的情况在顺治五年十一月十六日的《河道总督杨方兴揭帖》中汇报，说反贼聚集了“数十余万人”，然后经过镇压“城中贼党尽皆诛戮无遗”——杀了个精光。
顺治五年四月五日的《浙江福建总督张存仁揭帖》中叙述清军对汀州连城县进行灭绝性大屠杀的时候说：“贼……逃奔无路，躲藏民房，举火烧死甚众，在城叛贼概行诛戮”。
又比如，顺治七年十二月《宣大总督佟养量揭帖》里在叙述清军围攻剿杀五台山一带地区的抗清义民的时候说“职于顺治七年九月十一日……于四山各要路分兵进剿如打围之势……其不投诚者，概行杀戮。”
顺治三年到五年间，甘肃地区人民同样因为反抗“剃发令”而遭到杀戮，人民不堪忍受不断起义，相继占领了兰州、甘州等重要城市。清军攻城后，又在兰州和甘州屠城，分别杀了几十万人。这类屠城与南征屠城区别不大，属于“标准流程”，不用细说。不过《明清史料》中同时也记录了这次镇压中对乡村地区的屠杀。顺治六年的《署甘肃总兵张勇为恢复甘州塘报》里，总兵张勇向朝廷汇报说：
“我兵奋力赶杀,回逆乡周围二十里血流成川，尸积如山……入山搜剿，十九夜剿洗已尽，于二十日收兵入城……甘州内外肃清，地方恢复。”
在这场镇压中，“屠城—屠乡—搜山”构成了一个完整杀戮链条。
对于这一类大肆吹嘘自己疯狂杀人的奏章，朝廷总是予以鼓励奖赏。
相反，对于心慈手软不肯胡乱杀人的，则会受到清廷责备。比如顾诚《南明史》中记载，顺治六年二月，吴三桂手下的总兵任珍，在战斗中俘虏了四十九名明军士兵，没有杀掉。这事儿被兵部知道了，就觉得不正常，给多尔衮汇报。多尔衮下旨说：“阵获之人抚而不杀……此事甚不合理”，令兵部给吴三桂发文，让他核查解释 。这跟明朝军事纪律正好相反，杀人不用解释，不杀人反而要被调查；胡乱杀人受到奖励，仅四十九个人不杀，都会被朝廷责问。
在这种军事原则的指导下，清军自然是能多杀就尽量多杀，以杀人多为荣为功。

除杜车别外，另一位对《明清史料》档案有过详细研究的学者是李光涛，他参与了《明清史料》10 编的编辑工作。在清军的屠杀问题上，其结论对杜车别完全一致：
“这十一本史料（《明清史料》甲编、丙编），几乎每页都有清军屠杀人民的事件记录。这些报告杀人的奏章，所得到的皇帝批示，几乎也都一样：知道了，有功的官兵请兵部按功论赏。”
“这十一本史料，在整个顺治期间的档案中所占的比例，不过千分之一二。但在这千分之一二中，杀人之酷烈就已经可见一斑了。”
“流寇杀人很多，但主要杀的是富人、官吏以及不愿意投降之人，还有就是暴怒之时会妄杀多人。但清军不同，见人就杀，专以杀人为目的。”
“（清军对四川的屠杀）……先后持续了数十年，凡是不愿意服从的、不愿意剃发的、躲进深山不愿意编户为民的，都被杀掉。然后赤地数千里，比张献忠杀的人多了十倍二十倍都不止……清军屠杀中国之惨，绝非李自成、张献忠等可比。”